大明使团在葡萄牙受到了热烈的欢迎，在亚洲葡萄牙人是与大明关系最好的国家，现在澳门大多都是葡萄牙商人，而葡萄牙人更是将在印度的果阿等地交给了大明，双方现在的关系可以说是正处于蜜月期。

历史在这里稍微发生了一些变化，大明在亚洲与西班牙人的战争，使得西班牙的势力受到了一定的损失，而葡萄牙人则借此机会开展了复国运动，于天启十五年时终于获得了独立，和原来的历史相比，提前了几年时间。

大明使团受到了葡萄牙国王的接见，王征请求葡萄牙国王允许大明学生在这里求学，国王慷慨地答应了王征的要求，愿意负担留在葡萄牙的五名学生的一切费用，并且赐给他们葡萄牙人身份，进入里斯本的学校进行学习。

短暂的停留后，大明使团进入地中海，来到了罗马教廷。在随行的传教士的帮助下，王征以信徒的身份得到了教皇的接见，他把朱由校所写的一封信交给了教皇。

朱由校在信中以谦卑的态度表示了对教皇的尊敬，并且要求教廷派出更多的传教士前往大明进行传教工作，这都让教皇非常高兴。但是朱由校又提出，因为大明的情况不同，所以天主教里的某些教义要进行一定程度的修改，比如祭祖祭孔的必要性，应该全面允许，并且要用文字固定下来。他还要求允许大明的教职人员自行任命各级教士，当然，红衣主教的任命权还是在教皇手上。朱由校要求将王征封为红衣主教，成为大明教区的最高级教士。

教皇用最大的毅力克制自己，才没有把这封用汉语和拉丁文写成的信当场撕掉。祭祖祭孔的事已经争论了很长时间，最后教廷等于是默许了，所以这个倒是没有什么问题。但朱由校说红衣主教的任命权在教皇手中，却直接要求封王征为红衣主教，其意思很明显，教皇只是相当于一个图章，而且是大明说盖你就要盖的图章。

什么时候一个国家的皇帝竟然可以对教廷的事指手划脚了，而且这个皇帝还不是信徒。如果任其发展下去，最后大明的天主教只怕就不会再受教廷的控制了，这是不能允许的。但是这个国家可是有一万万人口，而且他们中的大多数还没有一个坚定的宗教，这对于推广天主教是一个多么大的诱惑呀。

更重要的是，这个国家的皇帝权力太大，可以说完全没有人可以制约他，如果自己真的撕掉这封信，可以预见，天主教在这个东方大国的传播一定会被强行喝止，这绝对不是教皇愿意看到的情形，一定要慎重，不要太情绪化。

于是教皇温言地和王征谈论了很长时间，然后召集了教廷的上层开会，讨论大明皇帝的来信。果不其然，祭祖祭孔的事倒是没有激怒主教们，但可以自行任命教职人员，强迫要求封王征为红衣主教的要求遭到了大家的一致反对。基督教经过了多次分裂，主教们可不想再一次看到这种情况发生。

但是教皇提出的一万万潜在教徒确实吸引了主教们，以前的传教士的报告写得很清楚，大明的皇帝对于传教并没有明显的欢迎或者抵触，反而是官员们多有反对，南京教案便是一个例子。大明皇帝对于国内具有完全的控制力，这是欧洲各国的君主不能比拟的。如果交恶了大明皇帝，基督教根本没有办法在大明进行传播。

经过两天的讨论，最后教廷终于屈服了。同意大明可以任命教职人员，但红衣主教的任命权只能在教皇手中。至于王征，因为他本身便是大明的虔诚教徒，而且身份是大明的五品官员，所以教皇捏着鼻子任命他为大明区的红衣主教。