相比较啊，飞的那种恐怖的躲藏能力，知道它的翅膀能力相对较少一点，除非他是能够像阿飞一样，将自己的身体的瞬间透明化。
所以在这一刻，卡卡西选择了迪达拉。
卡卡西看着疾风：“看来我的猜测果然没有错误，你真的是在装死呀，真的是演技太好了，竟然把我的能给骗到，真的是不可思议。看来其中你的实力又进一步提升了呀。”
“你在说什么？卡卡西前辈我把你给骗到了，你真的是在开玩笑，刚才我所有的动作都已经被你看穿了，难道不是吗？不然的话，你也不会选择加攻击的目标放在迪达拉的身上。相比较你而言，我觉得我还是太菜了。
阿飞现在是三打一，你觉得我们有能力打败你呢？我觉得你实现了，我还是尽早的逃跑，会好。
以我现在的能力所能看出来的呢，你的能力主要是在于防御和逃跑，刺探和偷袭。正儿八经的一对一的话，你绝对不是我们的对手，赶紧的逃跑吧。”
“真的是没有想到在这一瞬间都短暂的接触，你竟然对我这么有研究，真的是让我感到了害怕呀。不过我就是感到有一点想不通的，就是你们为什么那么自信一招就能把一个影级给打倒了呢？你觉得我们的实力真的是那么菜吗？真的是让我感到好笑啊。”
佐助在和卡卡西的训练期间，学会了卡卡西的成名绝技千鸟。同时他还针对我爱罗练习了复制来的小李高速的体术。虽然正式比赛的时候迟到，但佐助这一期间的苦练的成果很快显示出来。他的高速移动让我爱罗疲于应付，不得不用沙子将自己全身包围起来。佐助趁此机会首次使用了千鸟，结果穿透了我爱罗的绝对防御，并击伤了对手。与此同时，砂忍和音忍的木叶崩溃计划开始实施。我爱罗在砂忍的掩护下从木叶忍者村撤退。佐助追击我爱罗，一路上过关斩将，最终追上了后者。佐助一再使出千鸟，并切断了我爱罗用沙所凝成的一只手臂。被激怒的我爱罗使用守鹤的力量反击佐助。而佐助则由于咒印的缘故，体力不支倒下了。紧急关头上鸣人正好赶到，一番苦战后击败我爱罗。佐助对于鸣人在这一战中表现出的实力，表现出惊讶和嫉妒。鼬的回归篇在得知卡卡西被突然出现在木叶村的鼬击败后，佐助去探望卡卡西打听消息。从卡卡西那里，佐助得知鼬回到木叶村的目的是要寻找鸣人。于是他立刻动身去找鸣人，同时向鼬复仇。等找到鸣人的时候，佐助发现鼬已经先到一步。佐助使出绝招千鸟对付鼬，但被鼬随手破解了。虽然佐助不屈不挠，但鼬似乎对他缺乏兴趣，用月读毫不留情地击溃了佐助。鼬说佐助仍然太弱，因为恨得还不够深。佐助被自来也救走，去木叶村的医院养伤。终结之谷篇纲手回到木叶村后，治愈了佐助的伤势。在医院治疗期间，佐助回忆起他在第七班的历程。他发现自己仍然太弱小，无法打败鼬，甚至被从前的吊车尾鸣人超过。心情抑郁的他和前来探望他的鸣人在医院进行了一次对决。虽然这次对决被赶来的卡卡西阻止，但佐助发现鸣人的新术威力与自己现在的千鸟差距之大，内心更加不安。卡卡西在事后现身说法劝说佐助不要过于执着对力量的追求，但佐助已经积重难返。这时，大蛇丸派来的音忍四人组吸引了佐助的注意。佐助认识到大蛇丸给予的咒印的力量后，决定跟随音忍离开了木叶村，追随大蛇丸以换取力量。
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在佐助离开村子之前，被小樱追上。尽管小樱极力劝说佐助留下，并表白了对佐助的爱意，希望能帮佐助变强，但佐助的内心却一直充满复仇的决心，身为复仇者的他是没办法留在她们身边，只是温柔的说了声“谢谢”，可是这句话却是佐助的真心！然后击昏了小樱，离开了村子。在路上，佐助再次碰到了音忍四人组。这一次音忍给了佐助提升咒印状态的药丸，然后将吃下药丸进入假死状态的佐助封印到特制的棺桶中，带着棺桶离开了。在音忍一行往大蛇丸方向去的时候，一支由鸣人、鹿丸、牙、宁次和丁次组成的小队在身为中忍的鹿丸的带领下开始了营救佐助的任务。途中，小队的队员分别先后和音忍四人组的成员进行单挑。这期间君麻吕出现，带走了棺桶，但最终被鸣人追上。这时佐助完成了咒印的升级，破桶而出。恰巧小李赶到，拖住了君麻吕。鸣人最终在终结之谷追上了佐助。佐助见鸣人穷追不舍，便声称要杀死鸣人。鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决心无论用什么手段都要把佐助带回村子。于是两人开始了大战。起先佐助占据了上风，后来鸣人使用体内九尾的力量力压佐助，但佐助在对阵中升级了他的写轮眼，又再度和鸣人打成平手。这时鸣人体内的九尾让查克拉环绕在鸣人周围，并长出一条尾巴，而佐助则使用了咒印的状态二，变成了鹰的形态。两人各自使出绝招——鸣人的九尾力量的螺旋丸和佐助的咒印状态的暗黑千鸟在终结之谷的大瀑布上碰撞。在僵持状态下，佐助击中了鸣人，而鸣人则在佐助的护额上划出了一条裂纹。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。之后，鸣人昏倒在地。胜利了的佐助并没有杀死鸣人，因为他要用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样做。佐助离开了鸣人，去寻找大蛇丸。
第二部
疾风传
第二部开始时，佐助的面貌没有太大的变化。他依然冷酷，而且自称斩断了鸣人之间的羁绊，全身心地去追求力量。在三人再次见面的时候，佐助攻击了鸣人和小樱，不留情面。但另一方面，对于一些陌生人，他反而不大愿意随意杀戮。佐助和大蛇丸之间也仅仅是互相的利用关系。和其他音忍不同，佐助对大蛇丸既不恐惧也不尊重。只有在训练的时候，他才愿意和大蛇丸在一起。佐助没有佩戴音忍的护额，他身上唯一的标记就是宇智波一族的纹章。
在第一部到第二部的两年半时间里，佐助的能力大大提高。他使用草雉剑作为武器，并开发了新术千鸟流，可以让全身布满千鸟，攻击靠近的敌人。他还掌握了雷系查克拉的形态变化，可以不借助任何媒介使查克拉刀任意变化。可能由于大蛇丸的影响，佐助学会了类似潜隐蛇手的忍术。他对咒印的控制能力也大大提高，可以做到将身体的一部分提升到咒印状态，实力变得深不可测，甚至可以通过写轮眼与鸣人体内的九尾对话以及抑制鸣人九尾的力量。
佐助登场篇
在第二部中，佐助在和佐井见面时初次登场。他对佐井的出现无动于衷，还对大蛇丸的迟到表示不满。当佐井表示他会与比佐助更加好地和鸣人合作时，佐助用写轮眼震慑了佐井。此后佐井试图帮助鸣人和小樱，将佐助带回木叶村。佐助对众人的劝说毫不理会，表示只要能杀死鼬，就算大蛇丸夺走他的身体也在所不惜，然后就开始攻击新成立的第七班。
几轮交手之后，佐助进入了鸣人的意识，发现了九尾的秘密。九尾妖狐对佐助的出现很吃惊，他说佐助的写轮眼和查克拉比他自己的还要邪恶，并说以前见过类似的宇智波斑。佐助对九尾所说的事情并不感兴趣，并开始压制九尾的查克拉。九尾退却时威胁佐助不要杀死鸣人，否则定会后悔。回到现实世界后，佐助准备使用绝招将众人一举歼灭，这时大蛇丸和兜出现了。兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱晓的力量，便于他对鼬的复仇。于是佐助一行三人便消失了。
大蛇丸之死篇
佐助出现在1000个被他打倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血也没有被溅到，而且每一个忍者都没有给予致命一击。大蛇丸说即使是被称为天才的他在当年也没有如此实力。这时候的佐助觉得自己已经没有什么可以从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺在床上养病的时候突然对他发起攻击，用千鸟锐枪攻击大蛇丸。而早有准备的大蛇丸则现出真身“白鳞大蛇”，要夺取佐助的身体。两人在精神空间里进行战斗。在佐助的写轮眼下，大蛇丸遭到了和当年对战鼬时相同的惨败他的精神世界完全被佐助吞并了。
在摆脱大蛇丸的控制以后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。他同水月商量要组织一个新的小队，并说早有了人选。两人来到南秘所，说服了有特殊能力的管理员香磷入伙，然后释放了所有的囚徒。接着佐助一行人来到北秘所，准备释放重吾。此人是咒印的源头，拥有双重性格，平时很和善，但当咒印爆发时就抑制不住杀人的冲动。佐助、水月和香磷来到关押重吾的北秘所，并找到了他。正处于杀人冲动中的重吾与水月打了起来，但很快被佐助用大蛇缠住。重吾在佐助的杀气下恢复了正常，重新躲进牢房，害怕自己再次出去杀人。佐助对此表示会当重吾的牢笼，阻止他的杀人冲动。之后佐助又说君麻吕已为他而死，此刻重吾终于知道眼前这人就是君麻吕不惜生命都要将他带回大蛇丸身边的宇智波佐助。为了要见识一下佐助到底有什么能耐可以让君麻吕不惜牺牲来换取他，重吾决定加入他们。佐助的四人小队正式组成，取名为“蛇”，佐助的最大目的是要杀死鼬，而这世界都将因“蛇”的出现而发生变化。
大战迪达拉篇
佐助与“晓”的阿飞、迪达拉相遇，迪达拉与佐助开战。战斗过程中佐助利用自己的雷属性有效地克制了迪达拉的土遁炸弹，甚至破解了迪达拉原本用来杀鼬的必杀技——c4迦楼罗。最终迪达拉败下阵来，在穷途末路之际迪达拉选择同归于尽，为了证明自己的艺术
以及不惜一切也要杀死佐助的决心让他发动了终极艺术自行爆炸，可惜佐助熟练地运用了写轮眼，进入万蛇体内用空间忍术跃入其他空间，成功离开爆炸之地，得以保命，而迪达拉则在爆炸中身亡…
兄弟之战篇
在另一边，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务。“蛇”赶到“晓”的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬指示佐助前往宇智波一族的故地，来个了断。
两兄弟决战，初时佐助似乎占了上风，从鼬背后向其插了一刀，但是这却又是鼬的分身，佐助立刻向身后的另一个鼬使用千鸟锐枪进行攻击。后从绝口中才得知，双方似乎是在战斗，但其实只不过是幻术上的攻防战，实体一直未有动身。佐助从鼬口中得知宇智波一族创始人——宇智波斑仍存在的事实，就是斑跟鼬一起消灭了宇智波全族，同时亦得知宇智波斑也同样拥有万花筒写轮眼，而且是第一个以眼睛控制九尾及揭露此眼另一秘密的人。鼬继续向佐助诉说万花筒写轮眼的另一个秘密，佐助之前已阅读过关于宇智波一族的秘密，了解到了万花筒写轮眼终有一天会失明的事实。鼬告诉佐助，本已是万花筒写轮眼拥有者的人，能从自己兄弟那儿取来同样的眼后而创造出带有独特力量的新眼睛——‘永恒万花筒写轮眼’，这双眼睛永不会堕入黑暗的失明世界中，而且还会有新的力量产生，这就是万花筒写轮眼的另一个秘密。因此鼬一直以来要佐助练成万花筒写轮眼，正是要这个弟弟作为他的‘备用品’，以脱离万花筒写轮眼拥有者失明的命运。
佐助知道一切“真相”后，亦有所行动。两兄弟不断使出绝招攻击对手，佐助的实力比起两年多前早已今非昔比，交战过程中，鼬最强的精神攻击——‘月读’与最强的物理攻击——‘天照’相继遭到破解，令躲在一旁观战的绝惊叹不已。在破解了鼬绝招之后的佐助亦查克拉耗尽，可这时佐助仍然放话自己准备了一手终极绝招…
原来佐助先前的火遁术射向天空目的并不是攻击鼬，而是用来制造出积雨云，进而产生雷电，并将自然界巨大的雷电之力通过手中雷电引导向鼬。这个术被佐助命名为‘麒麟’。‘麒麟’的一击将整个据点都击得粉碎，佐助亦满心以为鼬已被杀死…但意想不到的是鼬也使出须佐能乎，防御住了佐助的攻击。
鼬使出了他的终极之术——‘须佐能乎’，一个灵体巨人慢慢形成。就在此际，本来被佐助夺去力量、压制在其体内的大蛇丸，竟趁佐助力量虚耗之际企图侵占其身体，他使出自己最大最强的术——‘八歧之术’变化出八歧大蛇。但一如日本神话情况。