额而大蛇丸本人也被须佐能乎的“十拳剑”刺中而封禁在葫芦里，佐助的咒印也随着大蛇丸被封印而从此消失。
此时佐助与鼬都已到了极限，佐助连写
轮眼都使不出来了，鼬的双眼已经几近失明，而且不断吐血，须佐能乎也差点消失。面对鼬强大的“须佐能乎”，佐助唯有不断以草薙剑和引爆符进行攻击，但都被鼬的须佐能乎所持的“八咫镜”弹开。鼬步步迫近，佐助则节节后退。最后，鼬微笑着在佐助的额头前轻轻点了一下，说道：“原谅我，佐助，这是最后一次了。”接着就此倒下。天空渐渐变暗，阵雨迷蒙，天仿佛在哭泣一般，而天照之火仍在不灭地燃烧着。当佐助看见旁边的鼬再也不动后，他明白鼬已经死亡，凄凉地笑了一下之后倒在了鼬的旁边，兄弟二人并列躺在地上，仿佛永远隔绝的存在。
“面具男”找到并救起已经晕倒的佐助，他对佐助宣称自己就是“宇智波斑”，同时告诉了他家族与木叶曾经的恩怨，以及鼬的真实身份。原来，鼬是木叶的双重间谍，当年一族意图谋反，为了防止战争的爆发鼬才选择亲手灭掉家族。而鼬其实一直都在暗中保护佐助，当年他以不杀佐助作为同木叶高层谈判的条件，并将佐助托付给三代目，因为在鼬的心中，佐助比木叶更加重要。佐助得知真相之后开始慢慢回忆起鼬的过往，渐渐相信了“面具男”所说的一切，愤怒与悲伤使得他开启了万花筒写轮眼。他将“蛇”改名为“鹰”，并决定刺杀逼死鼬的幕后黑手──志村团藏等三位木叶高层，以及摧毁对家族实行灭族政策的木叶。
捕捉八尾
佐助率领的“鹰”与“面具男”所率的“晓”暂时联手，作为条件，“鹰”为“晓”捕捉身处雷之国的八尾人柱力。在云雷岟上，佐助与完美八尾人柱力奇拉比交锋。由于咒印力量的消失，又是刚开眼的首次作战，导致前期战斗有些吃力，连续两次被其击倒，后“鹰”合力将奇拉比逼退。奇拉比是忍者历史上罕见的能完美控制尾兽之力的人，他完全尾兽化并对“鹰”步步紧逼。佐助眼见身边的队友们为了自己不惜生命，想起了以前的第七班，使用万花筒写轮眼释放了──“天照”。熊熊的黑色火焰在八尾身上燃烧，将八尾逐步吞噬，而八尾在挣扎间，将带有黑火的一条尾巴打向香磷，佐助当即使用千鸟锐枪割断该部分，但断尾仍然击中香磷背部，身上也燃烧起了黑炎。佐助为了保护同伴，情急之下将香磷身上的火焰熄灭，同时也熄灭了八尾身上的火焰，“鹰”返回。然而八尾已经利用佐助为了救香磷而割断的断腿逃生，但“鹰”捕捉八尾的行动却惊动了奇拉比的兄长──现任雷影艾。
五影会谈
“鹰”在一番修整之后决定
向木叶进攻，不过途中被告知木叶已被摧毁，于是转变目标，潜入五影大会，准备刺杀代理火影的团藏！“鹰”由绝带领其前往五影大会会场，在到达之后被绝出卖。绝告知五影佐助潜入的消息，愤怒的雷影立马开始寻找佐助，随后找到了目标并开战。雷影的实力异常强大，战斗中佐助使出千鸟及天照，并在此战中首次开启须佐能乎，但均相持不下。为了阻挡雷影，佐助使用炎遁·加具土命，可谁知雷影选择玉石俱焚，宁可同归于尽也要坚持攻击佐助。此时五代目风影我爱罗出现，使用砂之盾隔绝了二人间的相互攻击，雷影暂时退下治疗断掉的左手，而佐助则对上了我爱罗等四人。战斗中佐助使用须佐能乎，阻挡众人的合力攻击，并随即放弃与众人继续纠缠，直奔团藏所在的会谈场所。
在会场，佐助见到了团藏，但却被与“晓”有深仇的水影照美冥缠上，团藏亦在此时趁机逃脱。水影拥有溶遁、沸遁两种血继限界，而佐助因连续与多名高手交战，导致查克拉不足，同时过度地使用须佐能乎造成全身每一个细胞都疼痛不已，无法抵挡水影的忍术。这时白绝赶来解围，佐助虽然脱困但已筋疲力尽，此时土影大野木却突然出现并使出尘遁。在所有人都以为佐助已死的时候，“面具男”架着因查克拉消耗过量而昏迷的佐助出现了，随即将香磷和佐助转移至时空间，让香磷为佐助治疗。“面具男”对着风、雷、土、水四影说出了“月之眼计划”，并威胁其交出八尾和九尾的人柱力。四影在“面具男”的逼迫下仍未改变决心。最后，“面具男”宣布第四次忍界大战开始了。
“面具男”出现在逃离
会场的团藏面前，在打败了团藏的两个随从后，“面具男”从时空间里放出佐助与团藏对决。佐助质问团藏关于鼬的真相，在团藏说出真相、称鼬为木叶的叛徒之后佐助的怒火爆发，用须佐能乎将团藏捏碎，但此时团藏却又再次出现在佐助身后，两人继续对决。佐助不断使用天照、须佐能乎等招数“杀死”团藏，但团藏仍能不断“复活”，而团藏更抓住机会使用咒印将佐助定住。
在即将被团藏杀死之际，佐助回忆起了鼬的事情，须佐能乎升级，冲破咒印扭转局势，而团藏那种杀不死的能力的真面目也渐渐浮出水面。据“面具男”所言，那是连宇智波一族都将其列为禁术的绝招“伊邪那岐”。在经过了一番艰苦的对攻持久战之后，佐助灵活应用幻术使得团藏误判了形式，将团藏击倒。濒死的团藏不甘心失败，竟挟持香磷做人质，佐助此时被仇恨冲昏了头脑，用千鸟锐枪将香磷和团藏的要害一起刺穿。苟延残喘的团藏最后发动“里四象封印”，试图将”面具男“和佐助一同封印进体内，但最终也未能成功。
佐助打败团藏后，樱、卡卡西、鸣人先后赶来，第七班重聚。佐助的千鸟与鸣人的螺旋丸再次对峙，双方在精神世界里交谈，两人始终未能达成一致，但佐助答应了鸣人的决战约定，之后和“面具男”一起离开了现场。由于频繁使用万花筒写轮眼，佐助的视力严重下降，趋近失明，他决定听从“面具男”的建议，移植鼬的眼睛。
兄弟联手
佐助成功移植了鼬的眼睛
，瞳力的融合使得双眼升级为永恒万花筒写轮眼。他杀死了监视自己的白绝本体，出关上战场。途中佐助无意间看到被秽土转生的鼬，随即跟了上去。佐助了解到鼬是为了前往阻止秽土转生，鼬答应会告诉佐助想知道的一切，但必须先活捉药师兜。兄弟二人在战斗中互相配合，找回了尘封已久的默契。最终，鼬以一族的禁术“伊邪那美”将兜控制，并让他说出解开秽土转生的结印式，从而解开了秽土转生。战场上因兜操纵秽土大军而混乱不堪的战况得以控制，所有被转生者开始灵魂升天。
鼬将自己所知道的当年所有内情，自己的想法都告诉了佐助，并承认自己因为不相信佐助的实力与意志，而导致佐助离开木叶等行为。但这次，鼬选择相信佐助的力量，认为他也许能改变一族。最终鼬对佐助说：“无论将来你选择什么样的道路，我都永远深爱着你。”
正在加载我都一直深爱着你
鼬灵魂升天，佐助在与鼬交流之后重新思考：“一族是何物？村子是何物？忍者又是何物？”这时，水月和重吾带着在大蛇丸据点无意间找到的秘密卷轴来找佐助。佐助翻开卷轴，决定通过它解开心中疑惑。佐助回忆过去卡卡西的封邪法印，反向结印使出解邪法印，通过御手洗红豆身上的咒印复活了大蛇丸，然后带着归队的水月、重吾与大蛇丸一起出发寻找答案。
寻找答案
佐助与大蛇丸、水月、重吾来到木叶，进入宇智波一族南贺神社的地下室。卷轴上记载的是破解尸鬼封尽的方法。大蛇丸先带上漩涡一族的面具让死神附身，然后以剖腹的方式解开了封印，释放出历代火影的灵魂并找回了过去被三代目封印在死神体内的双手，接着使用附着在佐助身上的白绝秽土转生出了前四任火影。历代火影对佐助讲述了鼬的生平、宇智波一族的历史、木叶的创立过程，在知晓了一切之后，佐助经过思考，得出了要守护木叶的决定。为了不让鼬的意志湮灭，佐助决定重返战场。途中遇到越狱逃出木叶的香磷，对香磷道歉。众人兵分两路，佐助、重吾与历代火影前往“面具男”宇智波带土以及真正的宇智波斑所在的十尾战场，大蛇丸则带着水月、香磷前去救助现任五影。
忍界大战
四位火影悉数到达战场，使出“四赤阳阵”困住
十尾，紧接着佐助也到达战场，并且对众人说出自己想法的改变，更说出自己要成为火影以改变村子的现状。第七班复活后，众新生代忍者们对十尾发动了猛攻，忍者联军势如破竹，佐助的炎遁与鸣人的风遁在战斗中配合产生了巨大的威力，十尾也一度被压制。眼看着胜利在望，带土从异空间返回，将十尾吸收并成为了十尾人柱力。
面对能让所有忍术失效的强敌，众人感受到了前所未有的压力，而看到熟练操控九尾查克拉和仙人模式的鸣人，佐助的心中也再次冒出了不甘的念头。带土为了发动无限月读而释放出神树，眼见连鸣人都差不多无法再战，佐助主动上前劈开了神树树枝，重新激发了鸣人的斗志。为了应对十尾人柱力让忍术失效的能力，佐助的须佐能乎吸收适应了重吾的咒印转变成了仙术·须佐能乎，他和鸣人联手攻击强大的十尾人柱力带土，但还是被击倒在地。
为了重拾希望，鸣人和佐助最后孤注一掷，两人合力使用威装·须佐能乎，时隔多年，九尾再次披上了须佐能乎之铠。在过去同伴的合力下，带土终于受到了重创。众人成功解救出了被困在带土体内的尾兽。
战败后的带土决定
赎罪，然而斑趁带土虚弱之际使用黑绝控制带土使用轮回天生之术复活了秽土之躯的自己。佐助与鸣人、佐井对斑展开了攻击，佐助刺穿了斑的右臂，斑感觉到佐助的万花筒写轮眼和自己一样是直勾玉，打算邀请佐助与自己联手，但佐助选择了拒绝。
之后斑将九大尾兽重新捕获，准备成为十尾人柱力。此时佐助被初代火影传授能与仙术查克拉呼应并束缚住斑的术，打算以此来阻止斑，而初代选择佐助的理由是他认为佐助很像斑的弟弟宇智波泉奈。佐助从空中对斑发起突袭，却被斑用“轮墓·边狱”定住，斑丝毫没有顾念同族之情刺穿了佐助的心脏。
濒死之际佐助回忆起了哥哥的话。此时从伊邪那美中重拾自我的药师兜来到战场，以仙人模式出现在佐助身边，他用自己的医疗忍术，配合已经研究完成的初代细胞加上二代提供的禁术对其进行救治。在精神世界里，佐助见到了传说中的六道仙人，从六道仙人处佐助知道了一切的起源，得知自己是六道仙人长子因陀罗的转世。鸣人和佐助两人在选择了各自的道路后，接受了六道仙人馈赠的力量。