同日，段祺瑞被迫辞职，直、奉两系军阀遂控制了北京政权，仍共推靳云鹏组阁。

陆军总长靳云鹏本来是段祺瑞手下的两大干将之一，另一位就是参战处参谋长徐树铮。但这两位是针尖对麦芒，形同水火。徐树铮是安福系的后台老板，同徐世昌矛盾很大。而靳云鹏不属于安福系，同徐树铮又仇恨甚深。敌人的敌人就是朋友，为此，徐世昌看好靳云鹏。靳云鹏和张作霖是儿女亲家，以奉系作为强大的靠山。靳云鹏和曹锟还是拜把兄弟。靳又和直系的王占元、吴佩孚都是山东同乡。由于具有这些政治资本，靳云鹏在和徐树铮的竞争中，自然占了上风。因此，1919年9月24日，北京政府任命陆军总长靳云鹏兼代国务总理。10月31日，众议院通过了靳云鹏提名的内阁。后来，由于段祺瑞和徐树铮的反对，又对阁员名单进行了微调，安排了安福系的李思浩为财政总长，这个提名才于12月3日在参议院上通过。

当上国务总理的靳云鹏，很想有所作为，实现他和平统一中国的梦想。但是，军阀割据，各自为政，他很快就陷入一筹莫展的境地。段祺瑞和他的安福系一直在设障拆台，企图倒阁。由于外交问题、学潮问题、财政问题等无法解决，同时，直皖战争就要爆发，1920年5月9日靳云鹏决定辞职，并致电曹锟、张作霖不要挽留他。5月14日北京政府只得派海军总长暂代内阁总理。7月14日到19日，直皖战争打了6就结束了。

战后，第一要务是组阁问题。徐世昌想用自己的老朋友周树模组阁，曹锟看中了直系元老王士珍，张作霖念念不忘的仍然是他的儿女亲家靳云鹏。靳云鹏认为时机已到，该他出山了，便于7月23日亲到奉天，同张作霖商讨善后问题，取得张作霖的支持。26日，张作霖和靳云鹏同到天津，并电邀曹锟来津开会。曹锟马不停蹄地于28日从保定到达天津。此时，各地军阀的代表也到会了。在这个会议上，就决定了让靳云鹏复职组阁。

7月28日，总统徐世昌准督办边防事务兼管理将军府事务段祺瑞免职，撤销督办边防事务处，撤消西北边防军名义。孙中山、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧二次宣言，始终贯彻护法救国主张，北方应先废止中日军事协议及二十一条，南北双方预计于上海的和议方可继续。曹锟、张作霖、靳云鹏等在天津会议，决定解散安福系国会，请靳云鹏组阁，取消上海和会。

7月29日，徐世昌通缉徐树铮、曾毓隽、段芝贵、丁士源（京汉铁路局长）、朱深、王郅隆（安福俱乐部财务股长）、梁鸿志（参议院秘书长）、姚震、李思浩、姚国桢（交通次长），诸人均已避匿日本使馆。