共同打败皖系后，曹锟、张作霖率领他们的僚属和卫士分作两批由天津到北京来。对这两位大人物，总统徐世昌不敢怠慢，在东车站铺上黄土，戒备森严，以帝王之礼隆重地迎接他们。欢迎人员一律发给入站券，以防意外。从车站到他们的临时馆舍，沿途派兵列队把守，闲杂人等不得靠近。商店居民均须悬挂国旗以表欢迎。从中不难看出，徐世昌对这两个大军阀的恐惧。

曹锟、张作霖到京后，于1920年8月11日组成靳云鹏内阁。组成如下：外交总长颜惠庆，内务总长张志潭，财务总长周自齐，海军总长萨镇冰，司法总长董康，教育总长范源濂，农商总长王乃斌，交通总长叶恭绰，陆军总长靳自兼。这个内阁名单是直奉两系相互妥协的产物。9人中，张为直系，王属奉系，靳、周、叶均接近奉系。大体上看来靳内阁逐渐倒向张作霖一边，这使曹锟、吴佩孚十分不满。

直系在冯国璋时期，在地方上拥有强大的力量，主要由直系的旁系----“长江三督”(即是江苏督军李纯、江西督军陈光远与湖北督军王占元)加上直隶督军曹锟构成。在冯国璋死后，直系一如过去的小站系（袁世凯力量，分为直、皖二系，和有重要关系的奉系）产生了分裂，长江系的李纯一度想与保定派的曹锟角逐直系的领导人，却英年早逝，在战胜皖系的第3个月在江苏任上离奇自杀，并将督军之位传于齐燮元。王占元任督军，他是冯国璋旧直系人马，素与吴佩孚关系不好，正史上吴借川湘联军攻鄂的机会把王占元逼下台，算得上是“政见不和”的同道中人了。

直系的主力为保定派的曹锟，曹锟的军事力量主要建基在陆军第三师上，而第三师师长便是吴佩孚。直系保定派的分裂自第一次直奉战争之前，因为和战问题产生了分裂，一为主战的洛阳派，而洛阳派的领袖是开府洛阳的吴佩孚；另一为主和的天津派，天津派的领袖是王承斌；最后一派则是以曹锟为首领的保定派，保定派主要持着观望的态度。

约定战后划归直系势力的安徽、浙江、山东三省因各种问题，并未如预想的那样完全倒向直系：

安徽督军倪嗣冲是段祺瑞的有力支持着，皖系失败后，倪被解职赴天津意租界隐居作寓公去了。手下张文生、马联甲倒向直系，算得上是一点收获。

山东一直是皖系地盘，督军为郑士琦所得，他积极进行“保境安民”之策，努力在直、奉两种势力间保持均衡，实际上还倾向于已经下台的皖系。他的后任也是坐观皖系失败的“直皖系”山东督军田中玉，并于战后再兼省长之职。因为郑、田二人的谨慎，吴佩孚没能在战时战后找到借口，对山东无法染指。

浙江是皖系的“铁杆”地盘。然而督军卢永祥的地方军事力量实在雄厚，加之他转变也快，在直皖之战中并没有多少小辫子可抓，且战后民间主和之声高涨，直系无力也不敢再轻启战端，以至于坐视浙江成为皖系最后的一块根据地。