因张勋复辟而号召护法，广东省长朱庆澜邀孙赴粤，程璧光海军独立，载孙、唐绍仪、汪兆铭、伍廷芳等人南下广州。抵达广州之时，段祺瑞“再造共和”，拒绝恢复被张勋废止的1913年选出的国会。孙中山号召国会议员一起到广州，召开国会非常会议，展开护法运动（亦称三次革命），组织护法政府并就职为大元帅，誓师北伐。

段祺瑞要武力统一，军事征南方都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途。当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入，段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的迷梦，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长，曹是著名的亲日派，段祺瑞后来为国人攻击卖国就是这一期间铸成的。

日本为了对中国贷款，乃以朝鲜、台湾、兴业三银行合组一特殊银行团，借款总额高达2.2亿日元，由日人西原龟三经手，后来就是有名的“西原借款”。

段祺瑞为求财政上的充裕，贯彻其武力统一的迷梦，不惜饮鸩止渴，断送国权，让日本假借款以夺取中国之利益，而中国因西原借款所损失的有：

一、吉长铁路、吉会铁路及满蒙四路均被抵押。

二、无线电台、有线电信事业管理权的让与。

三、吉林、黑龙江两省金矿及森林的让与。

四、山东济顺、高徐二铁路的让与。

五、山东问题换文的损失。

六、中国参战军必用日本军官训练。

同时，日本政府建议中日合办凤凰山铁矿，中日各投资2500万元，中国资本可以由日本代垫，并提出在浦口建立钢铁厂，聘用日本技师，以陆宗舆为督办。这个消息首先由北京的英文《京报》注销来，段相信这个秘密条约是总统府方面故意泄漏的，同时相信冯国璋有意推波助澜，纵恿反对。因为江苏督军李纯在南京召集了秘密军事会议，会议结果：不但提出了取消军械借款的要求，还提出了改组内阁的要求，因为他们认为内阁中有亲日分子，所以需要改组。不止是江苏督军李纯在反对，直系的其它督军如：江西督军陈光远、湖北督军王占元都电请政府明白表示。

段祺瑞派军警逮捕了《京报》主笔陈友仁，接着把《京报》查封。这一来，便成了一件中外轩然大波的事件，各方遍传：“中国军械将由日本管理，所有各省兵工厂、煤铁矿亦由日本控制。”于是全国人民和各种团体，一致反对军械借款和凤凰山采矿合同，要求段内阁宣布真相。同时美国公使抗议中日军械借款，亦要求公布凤凰山采矿合同，英国公使则认为长江流域是英国势力范围，不能容许日本染指。江苏督军李纯更指出凤凰山是江苏辖境，事关地方问题，应先征求地方当局意见才能签约。语气中含有即使内阁签订开矿条约，他也不会允许日本人前来开采铁矿。

段决定一意孤行，不理睬反对声浪，当这个合同签定前送到农商总长张国淦桌上，照理要由农商总长批准和签字。可是张国淦竟拒绝签字。同样在北洋政府任职，张国淦却显示了中国人的骨气。