大玄沿袭前朝传统，中枢设置政务院，设首相一位，宰相若干位，世人都称之为某相、某中堂。
设六部（吏、户、礼、兵、刑、工），各部长官（管部的大学士及尚书、侍郎等）称堂官，部下属各司的郎中、员外郎、主事以及主事以下的七品小京官称为司官。
在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府。