九头蛇不参与到上面的讨论中。因为上面提到的所有机构，内部都有九头蛇的人在潜伏。

自二战后期被击败被覆灭之后，九头蛇采取了新的策略。他们顺势转明为暗，在所有敌人都不知道的情况下，逐渐渗透到每一个国家的各行各业之内。通过这种方式，他们可以暗中操纵各种各样的世界，甚至包括世界潮流的走向。如无意外，他们会一直隐藏，直到某一天忽然暴起发难，摧毁他们所有敌人，将他们的信仰强行普及到全世界。不过那一次的外星飞船坠落事件，给了他们提前回归光明并传播信仰、掌握局势的机会。

而九头蛇当时的领袖也很果断地抓住了这个机会。

在九头蛇的挑拨之下，本来就想要获得那艘外星飞船以及上面的所有东西的几个机构开始明争暗斗。除了应对记者媒体的表面功夫，几家机构相互之间几乎是撕开脸皮地伤害彼此。几个小时之后，不止是神盾局和那些美国国内的机构参与到那场‘角逐’了，连其他一些诸如北约和华约的多国联合军事组织，乃至联合国本身，都在媒体的视线之外向美国施加压力。在九头蛇的暗中操作之下，为了那艘外星飞船，那些组织机构都胆大妄为到什么程度呢，他们将自己手上掌握的其他机构的污点、痛脚，全部捅了出来。然后不等公众笑话那些消息，他们就以各自的职能为名义，开始明里打压对方。比如fbi忽然出现在nsa的总部楼下，指责nsa主要负责人通敌卖国；比如nsa突袭美国-军方设施，以藏有高危物资的名义收缴后者的资产……事情的最后，是神盾局派出特别部队——超能力者，将其他组织的多个基地摧毁，残杀那些基地内的工作人员，引起了众怒。这里的‘众’不只是想要争夺那艘外星飞船的其他组织，还有其他国家甚至联合国本身。他们认为神盾局已经失控，准备彻底地解散这个它。

结果，神盾局反抗了。

其实当时神盾局手上并没有超能力者，那是九头蛇的。还有当时的神盾局高层也没打算反抗，而是准备争取支持，然而暗处的九头蛇还是以神盾局的名义，打出第一炮。于是情况无法挽回，不知情的神盾局特工们在暗处的九头蛇的怂恿、迷惑和误导下，打了好几场大战，将包括fbi、nsa、美国-军方等一众机构的部队歼灭，彻底坐实了神盾局的恶名。这时候，九头蛇终于正式出场了。

当时九头蛇的领导层非常聪明。他们没有一出来就将神盾局干掉，虽然他们有这个实力。他们先是小败了几场，适当地展露自己的身份，小范围地洗脱自己当年纳粹余孽的罪名。他们拿出一系列的证据表明，九头蛇其实是已经存在了很久很久的组织，甚至连追溯到公元前五千年的古埃及王朝时期。二战时期是红骷髅盗用了九头蛇的名义来为纳粹招揽人才，其中还有神盾局的前身——科学战略部门强行污蔑并借此借口来夺取真正属于九头蛇的财产等事。在一套套的‘证据’以及暗中操控舆论等多重手段之下，九头蛇很快就完成洗白，并在随后对已经失控的神盾局的战争中打响了名声。然后，那些本来就是九头蛇成员的家伙们纷纷离开自己明面上的岗位，大张旗鼓地‘加入’九头蛇，向公众制造出‘九头蛇众望所归’的假象。

结果在击败神盾局之后，九头蛇很快就取代神盾局的位置，成为了世界上最大的情报机构。

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