光海君最后一次称仁穆大妃“母后”是在1614年6月。一个月后，使臣带来明廷同意追封恭嫔金氏的消息。从那时候开始，光海君改称仁穆王后“大妃”；支持废黜仁穆王后的人称她为“西宫”）。

成功追封恭圣王后的20日后，光海君差捕盗厅秘密捉拿仁穆王后的叔叔金季男，制造的让有心人攻击仁穆王后的机会。

第三轮辩论的导火线便是儒生韩辅吉的上疏，要求光海君废黜仁穆王后，受到领议政奇自献的反对。

于是光海君召开收谥要求群臣表态，在1100名两班（包括王室成员）之间，大多数人不愿表态，只有7个人，即小北派奇自献、西人李恒福（1556-1618）、西人金德诚（？-1636）、西人金权（？-1622）、李慎仪、权士恭（1564-1624）、西人吴允谦（1559-1636）公开表示反对任何不利于仁穆王后的政策。

将近50人表示支持，多为大北党（此时，反对废黜仁穆大妃的大北派脱离党派，组成新党“中北”）。

光海君杀鸡儆猴，流放了反对者。余下的群臣在左议政韩孝纯带领下进行了为期一个月的庭请。受光海君压迫，台谏弹劾了不出席的人，一时间人人自危。

当同情仁穆大妃的声音彻底消失以后，光海君下教旨，软禁仁穆王后，但并没有把大妃废掉，而是拿掉了她大妃的地位，改称西宫。

光海君在位期间，朝鲜诞生了像《东医宝鉴》这样的医学论著。该书于1610年完成。在这个时期，李朝选拔官吏任人唯贤的制度早已受到破坏，因为遴选文武官员的考试已变成有权势的官员和当权派手中的工具。

经常举办的特选科及第者们造成了对土地的迫切需求，同时，两班地主们不登记拥有土地的做法使国家的岁入大量流失。

由于一些两班利用免税的书院土地来逃避税收租赋，仅仅在17世纪私立书院的数目就增加了三倍，使书院房地产成倍增加。

它们所荫庇的文人学士和学生数目也不断增加。王亲国戚和掌权的官吏积累了战时遗弃的土地，把它转为免税的财产。竞争官职变得激烈起来，因为担任一任官职很容易在经济上捞到好处。

在这种文武官员只顾私利不顾国家的风气下，朝鲜国势日颓。尤其雪上加霜的是，此时的朝鲜还面临后金的军事威胁。

1616年，努尔哈赤（朝鲜史书称老酋、老乙可赤）基本统一女真各部，建立后金国称汗，定都赫图阿拉（兴京），年号天命，并于1618年正式与明朝决裂，向大明宣战，发兵袭破辽东重镇抚顺。

除了辽东，整个东北落入后金掌控之中。夹在大明与后金之中的朝鲜左右为难，一方面要对宗主国大明尽忠，另一方面又要尽力与后金和平相处。

在这样的时代背景下，一心求和的光海君和亲明的士大夫之间不可避免地起了矛盾，从1618年到光海君下台，朝鲜宫廷上演了了长达5年的伦理斗争。

面对努尔哈赤的挑战，明朝经过近一年的准备，于1619年春发动了大规模的围剿，出兵10万，号称47万，分4路夹击后金，志在必取。

战前，明朝令朝鲜出兵助剿。1618年夏季，朝鲜收到3封来自辽东指挥使丘坦和广宁指挥使汪可受的信函，要求朝鲜出兵支援。

大多数官员提议立刻出兵，光海君则表示反对，却只得到7人的支持（黄中允，故台谏，大北派，仁祖反正时遭流放；赵缵韩，承旨，本是西人但与大北交好，因为所属党派的关系，仁祖反正时并没有受影响；朴鼎吉，承旨，大北派，仁祖反正时被杀；李伟卿，承旨，大北派，仁祖反正时被杀；朴自兴，参判，小北派，朴承宗之子，光海君外戚，仁祖反正时自尽；任兖，处置仁海君时期的功臣，大北派，七庶狱事时遭流放，1620年死去；尹晖，西人，西人巨头尹斗寿之子，仁祖反正时遭流放，因家境显赫，不久便回到汉阳），但后来这7人禁受不住政治压力，纷纷变卦，转投亲明阵营。

在光海君的坚持下，直到大明皇帝降诏书，朝鲜才勉强出兵。