自1950年代起受到公众关注后，批评与质疑也开始不断出现。有着作申述了这些批评，最早的着作来自瑞典及挪威。在这些负面评价中，有人质疑日记的作者不是安妮·弗兰克，而是剧作家梅耶·莱文。

1958年，当安妮日记改编的舞台剧在维也纳上演时，出席的西蒙·维森塔尔受到一群抗议者的滋扰。那些抗议者认为安妮·弗兰克这个人实际上不存在，并向维森塔尔挑衅，要求他找出当年逮捕安妮的军官以资证明。后来维森塔尔于1963年找到了当时的警察卡尔·西尔贝鲍尔，在会谈中，西尔贝鲍尔对当时的罪行直言不讳，并在一张被他逮捕的人的相片中认出了安妮·弗兰克。他还供认了整个逮捕过程，也记得在过程中曾翻倒了一个装满纸张的公文包。这些证词后来全被其他目击证人，包括奥托·弗兰克予以证实。这次事件也平息了对安妮·弗兰克存在与否的质疑。

除此以外，有批评者提出了对作者的新质疑。这些批评者认为，安妮的日记实际上是亲犹太组织的宣传品，而奥托·弗兰克亦被指为骗子。1959年，奥托·弗兰克于德国吕贝克对一名曾为希特勒青年团成员的教师洛塔·斯蒂劳（lothar stielau）提起诉讼，控告该名教师在校报上诋毁日记为赝品。后来奥托又同时控告了在吕贝克一份报纸上刊登来信支持斯蒂劳的海因里希·布德贝格（heinrich buddeberg）。开庭审讯后，法庭分析了日记的手稿，在1960年确认日记笔迹与已知的安妮·弗兰克笔迹相同，并确定日记为真品。法庭判决后，stielau撤回其言论，而奥托·弗兰克也没有继续追究。

1976年，奥托·弗兰克控告弗兰克福的海因茨·罗特（heinz roth），指他印发诋毁日记为赝品的小册子，法庭其后判决海因茨·罗特罚款500，000马克及监禁6个月。罗特其后提出上诉，但他于1978年去世，而翌年上诉也被驳回。

1976年，奥托·弗兰克也对恩斯特·罗默（est romer）提起诉讼，指他印发一本名为《畅销书〈安妮日记〉的谎言》（ the diary of anne frank，bestseller，a lie）的小册子。此案在法庭审讯时，一个名叫艾德加·盖斯（edgar geiss）的人在庭上派发此本小册子，结果他也被起诉。法庭其后判决罗默罚款1，500马克，而盖斯则被判监禁6个月。在上诉后刑期虽然获得减少，但此次案件却因为奥托·弗兰克后来对刑期的再度上诉，超逾了当地有关诽谤的法律规定范围而结束。

在奥托·弗兰克1980年死后，安妮的日记，包括书信与分散的页纸，按他的遗愿被转