到了弘治以后，情况就已经是明朝皇帝没有办法控制的了。皇帝已经变成了权力的来源和象征，但他们做任何的事情都已经没有办法自由。比如武宗南巡，权力意识大增的大臣们全体反对。嘉靖的大礼仪事件、万历的国本之争。此时，明朝的皇帝们已经变成了退居幕后的国家最高统治者，但是行政权已经几乎完全的落在了内阁和六部的手里。

以都察院御史和六科给事中组成的言官队伍，这批人在本朝品位虽卑，但政治地位却很高，在历次政治运动中都发挥了关键的作用；他们上则规谏皇帝，左右言路，下则弹劾、纠察百司、百官，巡视、按察地方吏治等。大凡从中央到地方各级衙门，从皇帝到百官，从国家大事到社会生活，都在言官的监察范围，既威慑百官安分守道、各司其职，也要求皇帝本人的所作所为应该符合天道本身。除了言官之外，翰林院、六部、内阁等官员也多次成为诤谏刺劾的主力军。1577年，张居正父亲去世，按例应回乡丁忧，然而在皇帝挽留下夺情留任；朝中其他大臣认为本朝以孝为大，张居正不应眷念职位。愤怒的官员决定参劾首辅大臣。先是两位翰林，后是两位刑部官员，冒着受到皇帝严厉处罚的风险，上奏参劾张居正。虽然四位官员果然受到杖刑，却在朝内赢得了忠臣的好名声。

这也不是皇帝昏庸和懒惰造成的，明朝中期的很多皇帝们都因为要权力和大臣们进行过殊死的斗争，皇帝是权力的来源，他可以给人权力也可以剥夺权力，并且掌握人的生死，这是他唯一可以威胁大臣的地方。但是偏偏明朝的大臣不怕死，而皇帝撤换了一个大臣，会有更多的大臣站出来维护这个集体的权力。所以皇帝也苦于要不回自己作为统治者的行政权力，只能逐渐的退居深宫，做最高的决议人。而所谓廷议这种事情已经不太需要皇帝的参加了。

明朝皇帝个人的自由到最后已经是狭小到无以复加了。甚至连立储君这样的事情也没有自由。万历的国本之争对比康熙随心所欲的换太子，可知万历做皇帝的难处！明末在各项制度上已经接近于早期欧洲的君主立宪，正如欧洲君主国家的储君们被选择出来需要经过内阁的批准。

明朝的太子被立出来是也要获得内阁的首肯的，在中国历史上，明朝还是首例，连立储君都身不由己。明朝的皇帝们，他们的早期都曾经试图确立以自己的想法来实施的政治制度，但无一例外的被大臣们驳回，退居深宫是他们唯一的选择，除非他们不顾舆论的压力，对大臣进行残酷的屠杀以换取自己的的权力。但是在明朝这样做的可能性很小，嘉靖的开始的屠杀并没有吓倒明朝的大臣，倒最终吓倒了皇帝自己。这些明朝皇帝们，一个个在深宫打发这自己无聊的岁月的时候，其实大部分的人心中，是很无奈的。

明朝的体制决定了皇帝交出行政权力对这个国家的运作更加的有利。所以皇帝们不得不无奈的退居深宫。

总之明朝皇帝想要行使权利，有诸多掣肘。