钱谦益反复吟诵这诗，觉得诗中所记张士德在“虞山”、“捐躯”一事与实录有出入，由此引了他对张士德被擒时间、地点的怀疑。他列举了大量史料，纠正了《实录》的错误，考证出张士德应该于丁酉（1357）年在常熟的湖桥被擒。
2.陶安调任黄州的时间
《实录》记载，陶安被任命为黄州府知府在辛丑（1361）年九月，五年以后又调任饶州府知府。而徐纮之《集传》与谢理的《太平人物志》均认为陶安是于癸卯（1363）年被任命为黄州知府的。那种说法正确呢？钱谦益据陶安自己的诗文作了详细的辩证。壬寅年，陶安《忆别》诗中有：“七年同在省东厅”[4](三p2111)的诗句。由此可知，从乙未（1355）年至癸卯（1363）年，陶安一直在金陵，不可能于辛丑（1361）年出知黄州。陶安在甲辰（1364）年又有诗曰：“今年春二月，玺书命守土，两日抵其州，又值连月雨。”[5](三p2111)则他出任黄州知府的具体时间应该为甲辰（1364）年无疑。
（三）实事求是，存疑存异
史家不仅要广闻博识，更须有缜密的思维和严谨求是的学术素养。考证严谨，以疑传疑，不妄下结论是钱谦益历史考证的重要原则。比如：
对曹国公李文忠的死因，史家记载不一。俞本的《记事录》认为，李文忠生病以后，淮安侯华中侍疾进药，李文忠饮药后死去。王世贞《史乘考误》认为，李文忠招纳了很多门客，招致朱元璋的不满。后来朱元璋找借口尽杀其门客，李文忠很害怕，自缢身亡。钱谦益参阅各家相关记载，对华中进药一事表示怀疑。对于李文忠具体死亡原因，由于没有可靠的史料支持，他只能感叹“若曹国得罪之故，史家阙如，无可考证，吾不得而知之矣。”
据《实录》记载，东川侯胡海死后，朱元璋亲自辍朝为他致祭。国史也郑重为其立传。这样看来胡海是不是得到善终了呢？对此，黄金持肯定态度，认为“当时党论一兴，元功宿将惴惴焉朝不谋夕。海独能摆脱众中，一辞莫逮。卒荷宠灵，考终牖下”。钱谦益怀疑胡海是受胡惟庸案牵连而被杀的，但是又没有确切的史料来证明，不好妄下结论，只能表示：“东川之有罪与其得免，则史既不书，他亦无可考也。
钱谦益开阔的学术视野和严谨求实的学术精神令人敬佩。
综上，钱谦益明史考证的重心是元末明初之际的疑案。钱谦益广征史料，参考诸家记载，详细地归纳、考证，揭示出很多历史真相。其不少考证结果便直接体现在清朝官修《明史》中。
四、钱谦益的史学影响
钱谦益对明代史事的考证和著述，对于清代官修《明史》产生了重要的影响。试细论之。
第一、有关传记影响
钱谦益交游广泛，文笔优美。明清之际不少遗民、故友以碑传、铭文相托。此外他的《列朝诗集小传》也挖掘、搜罗了明代很多诗人、儒士的生平事迹。这些为撰修《明史》提供了丰富的史料，甚至《明史》中有关传记就是以钱谦益的作品为蓝本，加以删节而成。特别是史官尤侗所撰之《文苑传》初稿，只是略加删节，几乎全部录用钱谦益的原文。后来汪由敦在《史裁蠡说》中说：“文苑则取其制作可传者，或关系一时风气，如前后七子、袁道宏、钟惺之流，略为论列流派。否则不必滥收。未可以钱谦益、曹能始之品题据为定论也。”(《明史例案》卷4之《汪文端史裁蠡说》)但是细观《明史·文苑传》修改后的定稿，很多地方仍然与《列朝诗集小传》吻合，只是在表达上更精炼了一些。试抄录钱谦益、尤侗以及《明史》对何良俊的记载，对比如下：
《列朝诗集小传·何良俊传》
良俊，字元朗，华亭人。少而笃学，二十年不下楼，或挟荚行游，忘堕坑岸，其专勤如此。与弟良傅，字叔皮，同学。叔皮举进士，官南祠部郎，而元朗以岁贡入胄监。时宰知其名，用蔡九逵例，授南京翰林院孔目。元朗好谈兵，以经世自负，浮沉冗长，郁郁不得志，每喟然叹曰：“吾有清森阁在东海上，藏书四万卷、名画百签、古法帖鼎彝数十种。弃此不居而仆仆牛马走，不亦愚而可笑乎？”居三年，遂移疾免归。海上中倭留青溪者数年，复买宅居吴门，年七十始归云间。元朗风神朗澈，所至宾客填门。妙解音律，晚畜声伎，躬自度曲，分寸合度。秣陵金阊，都会佳丽，文酒过从，丝竹竟奋，人谓江左风流，复见于今日也。吴中以明经起家官词林者，文徵仲、蔡九逵之后二十余年，而元朗继之。元朗清词丽句，未逮二公，然文以修谨自励，蔡以刻见讥，而元朗风流豪爽，为时人所叹羡，二公始弗如也。元朗集累万言，皇甫子循为叙，又有《何氏语林》、《四友斋丛说》行于世。尤侗撰《明史·何良俊传》初稿
良俊，字元朗，华亭人。少而笃学，二十年不下楼，或挟荚行游，忘堕坑岸，其专勤如此。与弟良傅同学。良傅举进士，官南祠部郎，而良俊以岁贡入胄监。时宰知其名，用蔡羽例，授南京翰林院孔目。良俊好谈兵，以经世自负，浮沉冗长，郁郁不得志，每喟然叹曰：“吾有清森阁在东海上，藏书四万卷、名画百签、古法帖鼎彝数十种。弃此不居而仆仆牛马走，不亦愚而可笑乎？”居三年，遂移疾归。海上中倭留青溪者数载，年七十始归云间。良俊风神朗澈，所至宾客填门。妙解音律，晚畜声伎，躬自度曲，分寸合度。秣陵金阊，都会佳丽，文酒过从，丝竹竟奋，人谓江左风流，复见今日也。所著《文集》及《语林》、《丛说》行于世。《明史·何良俊传》
其后，华亭何良俊亦以岁贡入国学。当路知其名，用蔡羽例，特授南京翰林院孔目。良俊，字元朗。少笃学，二十年不下楼，与弟良傅并负俊才。良傅举进士，官南京礼部郎中，而良俊犹滞场屋，与上海张之象，同里徐献忠、董宜阳友善，并有声。及官南京，赵贞吉、王维桢相继掌院事，与相得甚欢。良俊居久之，慨然叹曰：“吾有清森阁在东海上，藏书四万卷、名画百签、古法帖鼎彝数十种。弃此不居而仆仆牛马走，不亦愚而可笑乎？”遂移疾归。海上中倭，复居金陵者数年，更买宅居吴阊。年七十始返故里。
另外，《明史》中如唐寅传、祝允明传等都与《列朝诗集小传》有言辞吻合之处。这不仅体现了钱谦益的史学价值，更体现了他的史学影响。
第二，有关明史疑案遵从钱谦益的论断
明初史事疑案甚多。这不仅是明代各史家关注的焦点，更是清修《明史》诸史臣考辨的重点。靖难之后，建文帝逊国与否是当时史学界争论的一个焦点。王世贞认为建文逊国说不可信，“大抵建文出亡与否不可知”，体现了存疑的精神。但此后伪史杂出，不少附会建文逊国故事的记载流布民间。其中以《致身录》和《从亡笔记》影响最大，以至于像谈迁这样以严谨著称的史家都信以为真。钱谦益于崇祯年间作了《考》及《书考后》两篇文章，以确凿的事实考证出二书乃是伪书。曾任清修《明史》馆总裁的王鸿绪说：
逊国诸书大率附会而《致身录》最后出，汇诸说而缘饰之，遂为好事者所称道。崇祯中，南京给事中欧阳调律上其书。学士钱谦益据吴宽所撰《彬墓表》作《致身录考》，指出其必无者十，固已无遗议矣。《明史例案》卷3《王云横史例议下》
看来，钱谦益的考证成果是得到普遍认可的。在此基础上，钱谦益进一步指出：
大抵革除事迹，既无实录可考，而野史真赝错出，莫可辨证……正史既不可得而见矣，后之君子，有志于史事者，信以传信，疑以传疑，无好奇撺异而遗误万世之信史，则可也。
可见，钱谦益对建文逊国与否也是持“信以传信，疑以传疑”态度。但是，钱谦益在其晚年所著的《列朝诗集小传》中又有“帝(建文)逊位后入蜀，往来滇、黔间，尝赋诗一章，士庶至今传诵”的说法。是不是钱谦益晚年改变立场，而持建文逊国说了呢？在为赵士喆《建文年谱》作的序文中，钱谦益表示:“信固当传，疑亦可恤。过而存之，不忍废也。”由此可知，钱谦益晚年虽较倾向于建文逊国说，但因没有史料支撑，不过是“过而存之”罢了。
清修明史时，又为此事争论不休。徐嘉炎力主建文逊国说，而朱彝尊和万斯同认为逊国说不足信，王鸿绪《明史稿》则持建文*说(李晋华在《明史纂修考》中有详细论述)。最后乾隆四年（174o）定稿的《明史》则兼顾诸说，改为：
宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。或云帝由地道出亡。（明史》卷4《恭愍帝纪》）
由于缺乏可考史料的支撑，《明史》最终体现了钱谦益“信固当传，疑亦可恤”的态度。