乾隆三十一年，潘祖于运粮时在凤林闸下仙逝，由潘祖开山门弟子王降字相阳，浙江杭州西门外人，及关山门弟子萧玉德，字明新，苏州府昌门外人，扶柩回杭州武林门外，是为王祖及箫祖，因此後，清帮对于各师父领下的开山门、关山门弟子均特别敬重此外，潘祖仙逝之时，有第五代字辈弟子王培玉，字蓝田，道号功，直隶通州坝人，当时仅进过小香，清帮称为一脚门内一脚门外，由众师兄帮他上大香开法后(清门规矩，师父若过舫(往生)，其门下弟子若未上大香或开法者，可由顶山门弟子主香代师执行，唯不可代师再收徒)，其守墓终日，纯诚哀恸不已，饮食不思，数日后

继潘祖之后，众推宿庆祥领帮行运，帮隔数代后，乃至清咸丰四年，太平天国之乱，皇粮遭毁，无法承运粮务，至此後，清帮主要经济命脉断绝，后至清光绪十二年，一百二十帮半，仅余六大帮头，而最后这六帮，接续传承家运，至光绪二十七年民运改为官运，不再行运江河，昔日千船万旗大江飘的景象，从此之后正式走出历史，指为粮船不开，雀杆不点头，因此後期的清帮弟子，均在6上行走四方，又称为旱码头入会

有人认为，清帮是洪门的一支派，其实不然，但确有传说翁、钱二位祖师均乃洪门/天地会会员，且创帮之始，很多成员出身洪门也甚有可能

虽然清帮与洪门有相当之渊源，但由于实行禅宗制度，所以与洪门互称兄弟不同，青帮组织是拜师入帮，会众以师徒相称，崇尚“师徒如父子”清帮组织比洪门更严密，规矩更复杂，于是也更加秘密因此有言道“清帮一条线，洪门一大片”

倾向于行会性质的清帮并未如洪门般强调反清复明，但多少也认同这一思想，提倡“替天行道”由于清帮并未积极从事反清活动，所以洪门一度将其当作叛徒，严禁洪门会员转投清帮，称“由清转洪，披红挂彩；由洪转清，剥皮抽筋”但为了避免冲突，两派仍多称“清洪一家”，所谓“红花绿叶白莲藕（指洪门、清帮、白莲教），三教原来是一家”