正史中，脱古思贴木儿在大明的持续打击下，势力渐渐衰退。特别是在洪武二十一年，大将蓝玉帅十五万大军偷袭北和林，擒获脱古思贴木儿嫡系及官员家属七万余人。脱古思贴木儿仅仅带着数十人逃离战场，投奔了阿里不哥系的也跌儿。

1388年也迭儿杀死脱古思帖木儿，自己当上了蒙古大汗，称卓里克图汗。也迭儿是元世祖忽必烈之弟阿里不哥的后裔。阿里不哥曾与忽必烈争夺皇位，最后失败。一百多年后阿里不哥的子孙也迭儿起兵杀死了忽必烈的后代并作了大汗，这在蒙古汗统上是一件大事。因为在此之前，无论蒙古统治阶级内部的政治斗争如何激烈，忽必烈家族的汗权从来没有动摇过。也迭儿袭杀脱古思帖木儿这件事表明，随着蒙古贵族退回草原，社会经济严重衰退，加之对明朝战争的失利，统治阶级内部的斗争更加激化了。

但是，耶迪尔刚即汗位就离开人世；其子恩克卓里克图继位时间也同样很短。1393年，忽必烈系额勒伯克从阿里布哥系恩克卓里克图手中夺回了汗位，从而结束了耶迪尔父子称汗的局面。然而在额勒伯克统治时期，阿里布哥系坤帖木尔举兵，杀死额勒伯克汗，汗位再次转到阿里布哥系手中。永乐元年(14o3年)，窝阔台（忽必烈与阿里布哥之叔父）系贵利赤又登上汗位。贵利赤汗的领地在甘肃河西一带，他为了占据和林，在阿鲁台太师的支持下同卫拉特部巴图拉(马哈木)丞相屡次作战。14o3年大败对方，占据兀鲁班答迷河流域，并不断向东南推进，曾一度控制了哈密，毒杀了明朝所封的忠顺王安克帖木儿。不久，贵利赤汗与太师右丞相马尔哈咱、太傅左丞相也孙台、太保枢密知院阿鲁台之间产生矛盾。也孙台被部下杀害，马尔哈咱往归卫拉特，阿鲁台迁居海拉尔河，贵利赤汗却又被部下所杀。

窝阔台后裔争夺汗位也绝非偶然。早在至正二十年(136o年)窝阔台系阳翟王阿鲁辉帖木儿就已经向忽必烈系汗位继承人妥欢帖木儿公开挑战，阿鲁辉帖木儿的举反虽然很快被镇压下去，但窝阔台系并没有因此放弃争夺汗位的斗争。贵利赤汗的即位，使窝阔台后裔终于在一时间如愿以偿。