至此，刘琨祖逖的对手变成了纯粹的石勒，石勒由于忙于和刘曜攻战，祖逖和刘琨都迅速抓住战机，扩大了地盘，祖逖收复了黄河以南的全部地区，刘琨的势力也一直延伸到了襄垣，两人互通书信，要联手夹攻石勒。

祖逖和刘琨都在做着战前的准备，积聚粮草，整顿兵器，招募兵员，而这一切他们也没有向朝廷要一文钱，全是他们自力更生所得。

眼看北伐就要成功，而朝廷内部又生出了危机，有人不甘寂寞，要过过皇帝瘾，他就王敦。

王敦坐镇武昌，拥有重兵，渐渐不把司马睿放在眼里，朝廷若是任命官不经过他的同意就去上任，不是被杀就是被驱逐，王敦遥控朝政，刘隗刁协戴渊三人就跟他对着干，王敦也感觉伸不开拳脚，所以就想自己坐天下。

王敦要造反，现在最怕的是两人，一是刘琨，一是祖逖，他认为如果造反之后，两人奉皇上的命令回军建邺的话，那自己就会失败，所以，他在起兵前要找机会除掉两人，还要抹黑司马睿，让他戴上并非正统的帽子。

王敦用的一计就是利用传说中的谶书《玄石图》，这本书在司马懿事魏时期就出现了，上面记有“年继马后”的预言，当时，司马懿请神相管辂占卜子孙运势，得到的结果也是年继马后，但管辂并没有讲明其中的意思，后来司马懿官居丞相之后，才猛地想起手下有个将领名叫牛金，虽然牛金为他立下了汗马功劳，但他对年继马后特别地忌讳，怕牛金将来会危及子孙后代，就找个理由把他杀了，除掉牛金之后，司马懿以为子孙从此可高枕无忧了，殊不知世事难料，他的孙子司马觐袭封琅琊王之后，他有个妃子夏侯氏风流成性，跟府中的一个也叫牛金的小吏勾搭成奸，瞒过司马觐生下了司马睿，也就是说司马睿并非皇族血统，而是牛金的儿子。

王敦要利用的就是牛继马后这个传说，抹黑司马睿，令他失去支持者，自己坐皇上。

王敦命人前往京城建邺散布谶书《玄石图》，并且在洒肆茶楼等处解说玄石图的意思，暗示当今皇上并非是司马家庭血统，一时间，弄得是满城风雨。

司马睿无意得知了此事，他认为这是王敦在散布谣言，为自己造反铺平道路，他深知王敦动手的日子不远了，这时，他想到了祖逖和刘琨，想当被，他们北伐的时候，自己不冷不热，根本没有真心支持，现在要用他们，他们会听众自己的号令吗？

司马睿决定先行封赏两人，加以恩宠，然后再把他们调回江南建邺，防备王敦，守住建邺。

刘隗给司马睿出主意，让他下旨削王敦的兵权，没有兵权，就是有胆造反也难以城事，司马睿照办了，可事情并没有他们想的那么简单，王敦撕毁圣旨公然不从王命了。

司马睿立即命人给祖逖刘琨封赏，各加一等公侯，封万户侯，可祖逖刘琨两人上书坚辞不受。

刘琨信心满满准备从并州一路打回中原，可这时，他的结盟好兄弟段匹殚出了状况，原来他的哥哥段疾陆眷病逝，他的叔父段涉复辰篡位自立，段匹殚阻止叔父，可这时段匹殚的堂弟段末柸又杀了叔父自立，于是段匹殚认为这全都是篡位，不肯承认他，要约刘琨带领晋兵攻杀段末柸，刘琨不想卷入段部纷争，只想劝和他们，没想到段匹殚以为刘琨支持段末柸，恼羞成怒，公然翻脸，石勒知道此事后，就趁乱攻打晋阳，刘琨和石勒一番苦战，终不能打退石勒的十马人马，于是他夜间悄悄出城去找段未柸，让他派兵助自己一臂之力，因段未柸毕竟是现在的段部当权者，就在他前往途中，被段匹殚的人看到了，段匹殚咬牙道：“好你个刘琨，我们兄弟一场，你却倒向那个贼人了！？”