顺治四年二月，多尔衮借口济尔哈朗所新建筑的府第逾制，擅自使用铜狮、铜龟、铜鹤的等物，犯了大不敬谮越之罪，济尔哈朗被罚银二千，罢免辅政职务。
济尔哈朗顺从地从辅政位置上退了下来，在朝堂上担任了一名闲职官员，完全没有表露半点不满。但是，饶是他表现得如此恭顺臣服，心机狠毒不能容人的多尔衮，为除后患，还是打算，要对他除之而后快。
顺治五年三月，多尔衮唆使贝子屯齐、尚善、屯齐喀等人，联名诬告济尔哈朗，说当日太宗初丧时，济尔哈朗身为国家重臣，不举发两黄旗大臣谋立肃亲王豪格的谋私之举，以及扈从入关后，擅自令两蓝旗越序立营前行之事。最后刑部议罪当死，判济尔哈朗腰斩于市。
与此同时，多尔衮更以此为突破点，遂兴大狱，大肆逮捕不服从自成已的勋臣旧将，象额亦都、费英东、扬古利诸子侄皆受到牵连，整个京城中，陷入了莫名的恐怖气氛。
不过，多尔衮这番挟私报复之举，让朝廷中群议汹汹，太后布木布泰与诸多大臣旗主皆十分不满。多尔衮考虑到自已的权力尚未完全稳固，又因明朝残余势力还未全部被消灭，故在经过一番仔细思虑后，还是决定从轻发落，在将来的日子，再对他们痛下杀手，亦不为迟。
最终，济尔哈朗降为多罗郡王，肃亲王豪格则被彻底幽禁，各名勋臣旧将降职的降职，除位的除位，警告的警告，却还是最终保得一条残命。
后来，在太后与一众忠于皇太极势力的朝臣努力下，多尔衮在四月底，不得不宣布，暂复济尔哈朗亲王爵，以观后效。
而到了当年九月，忧心忡忡的太后布木布泰，为保住济尔哈朗这名内心忠于自已的老臣，不至于京城中遭了多尔衮毒手，便想了个申生在内而亡，重耳在外而安的计策，把济尔哈朗授予定远大将军，离开京师，率部南下湖广，去扫除明廷的残余势力。
布木布泰此举，可谓煞费苦心，她一方面是希望保全济尔哈朗性命，另一方面也是希望济尔哈朗能积累军功与威望，最终能与越来越猖狂跋扈的摄政王多尔衮相抗衡。
所幸的是，济尔哈朗十分争气，一路征战十分顺利，可谓凯歌高奏，捷报频传。
当年十月，济尔哈朗部道经山东，镇压了曹县的抗清义军，俘获了义军首领李化鲸、李名让等，同时又得到了降将刘泽清的反叛罪证，上报朝廷将其诛杀。
随后，整整一年多的时间里，济尔哈朗一直率部在外征战，立下了累累功勋。大军一路奔袭永兴、辰州、宝庆、宣庆、靖州、衡州，几乎扫灭了整个湖南。接着全军突入广西，一直追杀到广西全州。然后又分军平定了道州、黎平府及乌撒土司，先后攻克了六十余城。给了明廷与农民军以极其沉重的打击，为清朝统一中国，做出了不可磨灭的贡献。
顺治七年初，济尔哈朗率部班师还朝，太后布木布泰等人十分高兴，遂论功行赏，顺治皇帝赐给了他金二百两、银二万两，以示嘉赏。
而接下来，原本以为接下来，会与多尔衮有一番刀光剑影内斗的济尔哈朗，得到了一个有如中五百万彩票一般的消息。
那就是，猖狂独断不可一世的多尔衮，竟然还未来得及与自已开展斗争，就一命呜呼地病死了。
多尔衮死后，济尔哈朗明白，自已苦苦等待的报仇机会，终于到了。
于是，这只看上去一直恭顺老实的政坛老狐狸，开始露出了尖锐的獠牙。
他首先拉拢巽亲王满达海、端重亲王博洛、敬谨亲王尼堪三王，联合上奏朝廷，请求削去故睿亲王多尔衮爵衔，并追论多尔衮的罪状，这三王深知多尔衮一派大势已去，就顺水推舟，在伯父济尔哈朗主持下联名向太后与顺治皇帝举发多尔衮，清算多尔衮一派的残余势力。
检举揭发多尔衮的这一举动，是济尔哈朗一生中对清廷的最大贡献。众多清史专家一致认为，济尔哈朗此举，终于结束了自皇太极逝世以来、长达数年之久的皇室内斗，还大权于皇帝，使清朝在入关之初、百废待兴的关键时期实现了政治稳定，对以后的发展产生了深远影响。
顺治十二年五月，济尔哈朗病逝，葬在北京西直门外的白石桥。顺治对济尔哈朗的死，悲痛不已，诏令休朝七天（仅有济尔哈朗享此殊荣），赠祭葬银万两，置守陵园十户，并为他立碑纪功。到了乾隆朝，更是哀荣独具，入祀了盛京贤王祠。
所以说，这样一位在政治斗争中，终于笑到最后的厉害人物，若是连德克西克与社尔祜二人的这点小伎俩都看不出来的话，这简直就是个笑话。
济尔哈朗洞若观火地知道，德克西克与杜尔祜二人，之所以在昨天黄昏时，急急地带着眷属行李匆匆离开盛京，无非是担心接下来的大清国中，战乱不休纷争不止，他们在经过了左右权衡之后，为了保全性命与家财，才会这般匆匆逃离清国，往投明朝或李啸吧。
其实，济尔哈朗也十分理解他们这种做法。
现在大清内乱在即，已呈现出大厦将倾树倒猢狲散的局面，诸如德克西克和杜尔祜这样已然无权无势的边缘宗室，没什么自保能力，又害怕在将来的政治斗争中站错了队，故他们自然极其害怕，自已会成为这场残酷内斗中的牺牲品。所以现在的他们，作出这样的选择，说到底，只是一种万分无奈的自保之举罢了。
对于现在大清即将到来的大乱之局相比，这类边缘宗室的外逃事件，实在不是什么了不得的事情。
济尔哈朗明白，就算自已立刻出手，下令各地官员捉拿外逃的的德克西克与杜尔祜，并且能把他们顺利拿获归案，但对于整个局势来说，这样的做法又有什么实际帮助呢？
而在清朝内战将至之际，在整个局势都是一片混沌不明朗的状态下，这样对宗室内部进行严加整肃与惩戒，除了只会让自已白白树敌外，得不到任何其他的好处。
这样只会得罪人，却得不到任何好处的事情，当然谁做谁是傻瓜。
过了好一阵，堂上呆坐的济尔哈朗，才从沉索中回过神来，他轻咳一声，对拜克图面无表情地说道：“好了，你所说的，本王已经了解了。你且回去吧，此事如何处置，本王自有主张。”
听了济尔哈朗这敷衍冷淡的回话，拜克图内心失望无比，却又不能多说什么，只能闷闷地应了一声，便告别离去。
见到拜克图闷闷离去的背影，端坐虎头椅上的济尔哈朗，表情十分阴郁复杂，最终却只是淡淡地说了一句:“唉，人心散了啊……”，然后，便是长长地叹了口气。