武学的设立让郑克臧有名义将大量的原郑军中级将领调入学习或是充任教习，再加上之前将黄良弼、徐青等镇将转入文途，原本对郑克臧不服帖的原郑军各大军头已经不复存在了，所以郑克臧得以进行下一阶段的军事改革。

永历三十七年十一月初一，郑克臧正式下令将郑军原来各镇的名号统统取消，至于镇将、总兵、副将、监督、监理、协将等官位也一并开缺。随后，郑克臧又对童子军的体制进行改良，以此重新组建了左右武卫、左右虎卫、左右勇卫等六师。

所谓“师”，并非郑克臧依据方明的记忆在杜撰一个编制，要知道在《易经?师卦注》中有“多以军为名，次以师为名，少以旅为名”一说，《疏》中也有“春秋之时，虽累万之众，皆称师”的注释，《周礼?地官?小司徒》中有“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师”的明确编制，东汉许慎在《说文》更明确指出“师，二千五百人为师”。

当然郑克臧的编制要略大一些，他以一个师辖三个团，每个团辖六个哨。说到“团”，其实就原来的标，早在西魏、北周时，当时的jūn_duì就以“团”作为一级组织，不过当时并没有明确的标准说一团应该有多少兵马，到了隋代，曾以一百人为一队，步兵二十队为一团，骑兵十队为团，而唐朝府兵制度中每团的兵力被明确为三百人，郑克臧的团则相对接近隋制。至于“哨”则是原来的“营”，唐制营通常辖两到三个团，为了不让人误会上下级之间的关系，因此郑克臧才特意把“营”换成了“哨”。

新的编制表里哨的建制基本不便，每哨下辖五十人的刀盾、火铳、长矛各一队，另外还有直属的辎兵班、令兵组各一，正六品承信校尉衔的哨官、从六品忠显校尉衔的副哨官、正七品忠武校尉衔的哨参军、从七品护军校尉衔的哨监察各一员，此外还有哨旗手、哨鼓手各一，火兵三人，如此全哨合计一百八十人。

一团六哨，其中四哨是战斗兵，另外两哨分别是炮军哨和辎兵哨。炮军每哨装备三寸炮三门，二寸炮六门，火力比原来“标”一级中只有三门二寸炮要强了数倍。除了这六哨之外，每团还有令兵一班，正四品飞骑尉衔的团统制、从四品云骑尉衔的团副统制、正五品武骑尉衔的团参军长各一员，正六品承信校尉衔至从七品护军校尉衔的团参军若干员，从五品昭信校尉衔及从六品忠显校尉衔的团监军各一员，再加上团旗护卫班、团中军医郎中等，全团共计官兵一千一百二十员。

每师除了上述三团以外，还有直属的骑军哨、三寸半（12磅）炮军哨、辎兵哨以及配置板甲或瘊子甲的跳荡哨及中垒（工兵）各一哨，再加上正二品副将军衔的师都统制、从二品轻车都尉的师副都统制、正三品骑都尉衔的师总参军、从三品骁骑尉衔的师总监军各一员，正四品飞骑尉衔至正六品承信校尉衔的师参军若干员，从四品云骑尉衔至从五品昭信校尉衔的监军协理、断事官若干员，师传令中军一队、探马队、师旗队等在内，全师共计四千二百人。不过由于明郑的人力不足，因此各师、团、哨中的缁兵、中垒及部分炮手等都由黑奴充当，由此每师中汉兵二千八百人，奴军一千四百人。

郑军陆师在战前共有各卫镇一万五千人、童子军两镇四千二百人、地方汛兵三千余。东宁战后，三者的总数下降到了一万八千人。其中部分伤者可以重返部队，但大多数却只能回家耕种，所以郑克臧将跟随林贤在蚶西港投降的普通清军打散后重新编入，不过饶是如此，郑克臧还是只能先编出六个师和二千驻屯汛兵。

除了上述部队以外，郑克臧还抽调出一千人的兵力组建了安平留守司，统一管理大员及北汕尾岛上的两处重炮要塞及其守备，并将原来八十人的安平城侍卫队伍扩大到了二百人，至于安平城的守备任务，在銮仪卫镇取消之后则由各师依次轮戍。

作为郑克臧全面掌握郑军的象征，参军司改名为参军院，地位升格为与政事堂并列，定西伯吴淑被任命为了总章参军事，还在养伤林升以及原中提督、翦虏伯洪拱柱受命成为同佥总章参军事，以上三人将协助郑克臧指挥军令。

而作为童子军系统掌握郑军的标志，孙有劳、何乾、毛洪言三人分别就任左虎卫、左武卫、右勇卫三师师统制，古晋、乐珉越、陈乐、汤保意等童子军各协的协统则分别升任了右虎卫、右武卫、左勇卫三师副都统制和安平留守司留守，林康、洪辉、安龙、叶钊等甲寅期的童子军或晋升各师参军、各团参军长或成为师团监军或个别出类拔萃的还晋升各团副统制、实权哨官，就连一部分乙卯生也成长为了各哨的哨官、副哨官