朝庭不知道的是甘肃并没有全境落在唐军手里，此时嘉峪关还在官军手中，马维兴拿下兰州后停了下来，只是派出人员前往甘肃以西的永昌，山丹，甘州说降，这三处地方见事不可为，爽快的降了，唯有去嘉峪关的人毫无所获，反被守将扣住。
听到此事，唐军都义愤填膺，要求马维兴马上发兵，拿下嘉峪关，却被宋献策止住，嘉峪关是万里长城西端主宰，始建于明洪武五年(1372年)，从初建到筑成一座完整的关隘，经历了168年（1372－1539年）的时间，是明长城沿线九镇所辖千余个关隘中最雄险的一座。
嘉峪关自建以来，屡有战事。明正德年间的1515－1522年，吐鲁番满速尔兵数犯河西。当时嘉峪关只是座孤城，以致满速尔兵两破关城，并屡掠附近诸部民众牛羊。直到1539年嘉峪关建成为一座完整的军事防御工程后，关城锁阴边陲，又有明墙暗壁相合，才真正成为固若金汤的天下第一雄关。
唐军在不到二十天的时间里拿下一省之地，许多地方都是主动投降，马维兴只留下小部兵马，大部份原明朝官员都得以留任，若有点风吹草动，恐怕许多地方都要反复，宋献策劝马维兴停下来，是怕嘉峪关的险峻，若是不能快速攻下，徒损士卒事小，惹得以前的地方反复事大，还是先把占领的地方巩固再说。
另一方面宋献策也在等待贺景的到来，现在的各种补给都已快跟不上了，贺景来后，补给也会跟着来到，唐王的犒赏也可以大大提升士气，对嘉峪关一座孤城，反而不用太放在心上，现在不能说降，等他们的补给没了，不降也不行。
嘉峪关的守将为林日瑞，林日瑞原名日烺，因避东宫太子慈烦讳，改名日瑞，若历史没有改变，他会在崇祯十五年，升任甘肃巡抚、都察院右副都御史。崇祯十六年，贺景攻下兰州后，进遏甘州，围城半月，城破，在巷战中被俘，拒降。在崇祯十六年十二月被贺景凌迟处死。
此时他却还只是一个都司，手下只有三千将士，但都是经久战阵的精锐之士，从林丹汗被皇太极击败，逃到青海以来，为了取得补给，林丹多次率军攻打嘉峪关，妄图攻破嘉峪关进入甘肃抢劫，最多时出动了二万人，都被林日瑞依托坚城，粉碎了林丹的梦想，据说林丹是忧愤而死，除了不能打败皇太极外，恐怕在只有三千人的城下屡次吃瘪也不无关系。
马维兴派出去劝降的是原甘肃的总兵杨麒，马维兴兵围兰州后，董学礼进城劝降，杨麒亲手将肃王府的人捆绑后献城，得到马维兴的夸赞，这次在他看来，说降一个小小的都司，易如反掌。
林日瑞一见杨麒，就想将他杀了，身为朝庭的总兵，城中尚有一万多人，未出一兵一卒抵抗，还把肃王捆绑献给唐军，如此不忠不义之人，留下世上有何用，杨麒大为恐惧，他本来就怕死才会投降，没想到这个低自己数级，以前在自己面前连座位都没有的人不但对他破口大骂，还想杀他，杨麒苦苦求饶，林日瑞的副手郭天吉看不过去，劝道：“大人，此等人杀之有污刀斧，不如暂且监禁，等叛军来攻时，再在两军阵前用来祭旗。”
林日瑞想了想，倒也不忙先杀他，到时等唐军来了，在两军阵前斩杀，也可激励士气，便道：“好吧，先把他押下去，严加看管。”
杨麒象死狗一样被拖了出去，丢进了大牢，暂时保住了性命，林日瑞在杨麒拖下去后，忧心忡忡，以前敌人再多，有后方源源不断的支援，依靠完善的城防，他从没怀疑敌人可以从他手中攻下关隘。
可现在敌人从后方来，嘉峪关再险，没有了补给也只会活活困死，何况嘉峪关主要是防备外面的游牧民族，面对后方来的袭击，却并非那么牢不可破，林日瑞只得吩咐所有人加紧修建防御工事，随时准备迎战来犯的唐军。
可他们等来的却不是唐军，竟然还是蒙古人的侵袭，崇祯八年的六月，原林丹汗的手下大将贵英率军一万人再次进犯嘉峪关。
林丹自从被皇太极击败后，率众十余万人逃亡，到达青海后，尚有二万精锐战士，林丹还想依靠这两万战士东山再起，为了能够笼络住人心，他只得向嘉峪关进攻，可是面对这天下第一雄关，林丹只能损兵折将，眼看部众越来越少，再也没有机会向他的大敌皇太极寻仇了，林丹一病不起，丢下了他重建大蒙古的希望，撒手而归。
林丹的部众由他手下大将贵英接管，此时离林丹逃到青海已有两年了，他们以前带过去的各种日用品早已用完，其它东西尚可忍受，唯有盐茶两项不可或缺，没有茶叶，肚里的油腻不能去除，长期会造成便秘，拉稀，没有盐，会变得手软脚软，全身都没有力气。
但嘉峪关的可怕已让蒙古人有了恐惧心里，林丹汗数次率军也没有攻下，他们更不敢造次，他们只能依靠走私贩子运来的少量盐茶苦苦支撑，到现在再也支撑不下去，没有这两样东西，他们只能慢慢等死，那还不如博一把，能死在马背上也算死得其所。
林日瑞率军登上了十余米高的城楼，嘉峪关城由内城、外城、城壕三道防线成重叠并守之势，壁垒森严，与长城连为一体，形成五里一燧，十里一墩，三十里一堡，一百里一城的军事防御体系。现在关城以内城为主，以黄土夯筑而成，西侧以砖包墙，雄伟坚固。内城开东西两门，东为“光化门”，意为紫气东升，光华普照；西为“柔远门”，意为以怀柔而致远，安定西陲。
门台上建有三层歇山顶式建筑。东西门各有一瓮城围护，西门外有一罗城，与外城南北墙相连，有“嘉峪关”门通往关外，上建嘉峪关楼。嘉峪关内城墙上还建有箭楼、敌楼、角楼、阁楼、闸门楼共十四座，整个建筑布局精巧，气势雄浑。
登上关楼远眺，长城似游龙浮动于浩翰沙海，若断若续，忽隐忽现。塞上风光，奇特景色，尽收眼底，可城下万余名蒙古士兵的呼呵声却给这美丽的景色凭添了无数的杀气。
城下的蒙古人已开始进攻了，他们一部分人下马，扛着简陋的云梯就往上爬，其他的蒙古人一边骑马飞奔，一边取箭向城楼攒射，城楼的明军也开始了猛烈的还击，箭象雨点般向蒙古人落去，在蒙古人中间溅起了一阵阵血雨。相反，蒙古人的箭支对明军却没有什么伤害，箭楼太高了，蒙古人的箭飞到明军跟前时，箭的力道已尽，明军用刀稍微一拔就可以打落，只有一些特别力大的蒙古人用的强弓可以给明军造成伤害。