时光飞驰，人类的足迹已经遍步地球，凭借智慧发展出高度发达的文明，并以世界的主人自居。然而“心的屏障”使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀，孤寂感迫使人类开始寻找新的生存之道。公元1947年，在约旦溪谷的洞窟中，一些吉普赛人偶然发现了死海文书，震惊了考古学界。其破译工作持续了很多年，终于取得成功。其记载内容令人震惊，不但指出人类与使徒的起源，还指出将来某一时刻由adam与lilith所生的必将归还本体，重新生长出生命之树并产生新形态的生命体。在这一过程中，人类和使徒，哪一方控制adam是至关重要的，因为遗传因子都从adam而出（所以adam也称作第一使徒、最初的人），控制adam的一方回归lilith之卵后，便可以成为新生命形态，或者说就是成为神，而失败的一方只有死亡（赢的一方尽管也得死但灵魂却得到拯救）。因此在这个约定时刻到来之前，使徒一定会苏醒来与人类为敌，人类要顺利完成回归就必须在此之前消灭全部使徒。
为此目的，秘密组织色ele成立了，它的德文意思是灵魂，以基路议长为首，制订了人类补完计划的剧本，或称时间表，其下属执行机构为称为nerv‘神不为者，人为之’。色ele在全世界招收研究人员。而美穗跟自己的导师就是这个组织当年招收的研究人员之一。
克隆人的出现，解决了生老病死的难题，成为战争的一大助力，但是没有灵魂的克隆人只能完成像机器人一样按部就班的完成指令，如果在输入指令的时候遗漏了某些面对紧急情况的应对指令的话，那么克隆人战士将会不知变通的执行下去。
《新世纪福音战士》的世界当中。人类用科学的眼光去解析灵魂、生命等谜团。时间是可以缓解创伤的良药，一万七千五百二十个小时，是七百三十天。两年的时间过去了。人类在经过七百三十个日夜后，渐渐恢复了平静的生活，东京这座国际性的大都市已经成为过去的代言词，地球上许多国际性的大都市已经成为过去。日本从新建立起了地标性建筑。为了纪念这次的灾难，跟阵亡者，新的首都，取名为‘第三新东京市’。
新的‘第三新东京市’在幸存者辛勤的双手下拔地而起，满目疮痍的‘东京市’成为过去，人口的锐减，破碎的家庭。让这座‘第三新东京市’里头的人们成了一个个丁克族，恋爱？虚伪而奢侈！能够活下来的人们整天为了新的生活忙碌，路上的行人似乎都充满了干劲。工作格外努力，每天十二个小时的上班时间也都不会抱怨，表面上看，这些幸存者是为了能够活下来感恩的去拼命工作，其实是一个个孤寂的灵魂害怕一个人面对家里那寂寞的四面墙壁罢了。
曾经压得人们喘不过气的房价不再寸土寸金般昂贵，每个人都能够住上百十来平米的房间。不过建筑的格局跟结构却变了，变得更加坚固，钢筋水泥混凝土墙面厚达八十公分。一个个封闭的房间内，隔音效果好的就算邻居在听着重金属摇滚。隔壁的人都感觉不到嘈杂。
楼群也逐渐的以十层高度的建筑为主，长长的楼道排列着一间间房间，冰冷的铁门上安装着指纹识别锁，往往一个楼层内会有三十到四十间房间。看起来像是冰冷的监狱一般。除了能够自由出入之外，关上房门后，就像困在牢房里面的犯人。
不少人养成了抱着食物跟淡水。穿着衣服睡觉的习惯，有些人枕头下面还藏着匕首或者枪支。因为你不知道灾难什么时候会发生，多一样保命的武器，在灾难发生的时候，将会多一线生机。
有人的地方。就会有商机，美穗跟李舍随着幸存者的人流，来到了‘第三新东京市’，罪犯、强盗、偷渡者、黑户、这些都不重要了。只要在‘人工智能’电脑里从新登记过一遍个人信息，便被列为幸存者得到妥善的安置，会根据每一个人的情况安排工作分配房屋等等。似乎新的生活带让人们看到了希望，过去的污点像书页一样被翻过去，人生的新篇章在这‘第三新东京市’里，只要努力工作，就能过上美满的生活。
‘第三新东京市’生机昂扬，这座年轻的城市依山而建，树木在酸雨的侵蚀下，干枯死去，没有了绿色植物的光合作用，空气间的氧气变得浑浊，可是这难不倒《新世纪福音战士》这个世界当中拥有‘人工智能’科技的人类。快速繁殖的植被在人工养料的催发下短短的功夫已经成长成小树。如今‘第三新东京市’相比起原来东京那钢筋水泥都市森林来，绿意悠然。马路上色彩斑斓的鲜花，漫山遍野郁郁葱葱的绿树，让人似乎回到了那个没有工业污染的年代。
大量种植绿色植物虽然说是为了使得植物的光合作用获得充分的氧气，可是另一方面，也是为了用色彩斑斓的鲜花，去缓解幸存者们紧张而又脆弱的神经。因为活下来的幸存者们都是适者生存的‘强者’，都拥有那段黑暗的回忆，更加自我的人们随身带着武器，一点小事一句口角，都会导致拔刀相向的流血事件发生。承受不住心灵谴责的人们在空旷的房间内割开自己的脉搏，吞吃安眠药的事件每天都在发生。人类缩减一半的族群承受不起这样每日人口减少的打击，所以色彩斑斓的鲜花，清新的香味很大程度上能够缓解人的神经。
有人的地方就会有对物质的需求，人群聚集多的地方，商业将会慢慢的发展起来。美穗跟李舍两人以夫妻的名义，得到了一间一百平米大小的套间。正南的房子能够得到充足的阳光，三楼的高度刚好能够闻到对面马路上的花香。当初李舍跟美穗两人被救援组织发现的时候，说出两人是夫妻这句话的时候。美穗这个刚强的女人，双眼中闪动着点点泪光，虽然知道李舍在另一个世界肯定有很多女人，不过在《新世纪福音战士》的世界里，他是自己的丈夫，这就足够了。哪个女人不希望拥有一个可以遮风挡雨的港湾？