——the dark side of dimensions——

前略，法老王亚图姆的故事在冥界之门的光芒中终结，但在埃及遗迹的考古发掘工作中却再次出土了法老王的象征之物——千年积木的碎片。得到了千年积木的海马，使用了划时代的决斗技术与武藤游戏展开了激烈的决斗。在他们的背后，是一位名为蓝神的少年所伸出的阴谋之手......

时间的一年后，在故事的开始与虚拟的亚图姆进行了对决，虽然获得了胜利但依旧无法解除心结，由于没能击败亚图姆一直耿耿于怀的海马为了能和亚图姆再次对决企图通过重新拼合千年积木，召唤回亚图姆的灵魂，期间遭到了本作反派蓝神的阻拦，在蓝神使用新的千年神器将周围的人次元化时海马以公司开发的全新决斗盘的力量弹开了蓝神的力量，并与蓝神进行了次元领域决斗。

在次元领域中上级怪兽的召唤无需祭品，不会产生战斗伤害，但怪兽遭到破坏时玩家会遭到怪兽攻击力数值的伤害，在蓝神的方界卡组的压倒性的力量下海马一度陷入了劣势，在情急之下海马召唤出了神之卡「欧贝利斯克的巨神兵」，依靠神之卡的力量逆转了局势，之后蓝神中断战斗离去。

距与暗游戏的最后决斗结束后一年，游戏他们看似已经重返日常。此时的游戏已经变得比较成熟，目标是成为游戏设计师，也已设计好游戏并报名参加德国的设计比赛。

由于千年积木剩下的碎片在武藤游戏的手中，且需要通过武藤游戏作为宿体才能召唤亚图姆的灵魂，于是海马举办了比赛召集了武藤游戏和蓝神进行决斗。

受海马邀请参加测试比赛，对于海马执著于让亚图姆回到现世是抱着无奈但能理解，即使自身也希望能再见到亚图姆，却也知道亚图姆是早已逝去之人，他们终究无法长久重逢。