弥留之际，玖辛奈将孩子托付给了日斩：“孩子的名字叫鸣人。这是水门和我，根据自来也老师的小说起的名字。”日斩郑重的说：“鸣人吗，我一定会照顾好他，我保证。”
灾难过后，除了重建村子，首要任务就是填补火影的空缺。此时自来也正云游四方，纲手也已离开村子、逢赌必输，卡卡西那一代又年纪太轻，木叶处在青黄不接的境地。会议上，团藏正想趁机登上火影之位，日斩抢先开口：“我愿担此重任！到下任火影成长起来为止，只当我是个过渡。”这下团藏又炸了，当年二代选择继承人时就被日斩抢先，好不容易熬到他退位了，现在竟又重新上任，团藏对他已经从意见相左转变为敌视，甚至策划了一次刺杀行动，想要除掉他。
最后行动败露，团藏面临着“刺杀火影未遂”的死罪，日斩却网开一面：“这件事不予追究，希望你今后能为木叶尽心尽力。”团藏冷笑道：“你还是这么优柔寡断，你的天真总有一天会毁了你。”日斩则回答：“有光的地方必有黑暗，无论缺了哪一方世界都无法正常运转。”
虽然他说的很有哲理，但团藏后来似乎并没有做什么好事。相反，他勾结日斩的徒弟大蛇丸，从事禁忌的人体研究。后来大蛇丸的实验室暴露，日斩亲自带队抓捕，但面对曾经的爱徒，他不忍出手，一念之差又将大蛇丸放跑，而团藏的那句警告，若干年后真的在他们师徒间应验了。
木叶村渐渐恢复了安定，但对于水门夫妇的孩子漩涡鸣人，日斩陷入了两难。作为拯救村子的英雄遗孤，鸣人本该在村里人的尊敬与关怀中成长，但他同时又是九尾人柱力，如果被敌人知道身份，将时刻处在危险中。因此对他最好的照顾，或许是隐瞒他的身份，让他像普通人家的孩子一样成长，暗中给予他帮助和保护。日斩似乎是想这么做，但结果却很糟糕，那就是全村的人不知道鸣人是四代火影之子，却都知道他是九尾人柱力。无须隐瞒的隐瞒了，该隐瞒的却暴露了，村里人对九尾的憎恨和怒火全都集中在了鸣人身上，敌人的目光也全都锁定了他，甚至宇智波在打算叛变时都已经做好了抓鸣人的计划。
我觉得以三代火影的头脑，这只可能是剧情设计的问题了，故事最初已经确定了鸣人的人设，一个在备受排挤的环境中长大，努力想要获得大家认同的少年，连载中的漫画，后期剧情必须服从这一设定，所以不是三代火影没有能力照顾好鸣人，而是鸣人童年很惨这一设定使得他不得不背这个锅。
可能也是因此，动画在第700话特别描写了一段日斩和鸣人的往事，讲的是幼小的鸣人被周围人孤立，穷得连拉面都吃不起，饥饿的他只能去森林里钓鱼、捡蘑菇吃。这时日斩出现在他身边，以一个过路老爷爷的身份和他分享食物，虽然我很想吐槽鸣人好不容易钓三条鱼您还分走一条，但此时的鸣人最缺的还不是食物，而是关心与陪伴。后来鸣人称三代为“火影爷爷”，两人间毫无隔阂，想来日斩应该陪伴他挺过了孤独的童年。
鸣人进入忍者学校时，很喜欢恶作剧，日斩曾嘱咐他的老师伊鲁卡：“那孩子在没有父母疼爱的环境下长大，村里人也因为妖狐对他敬而远之，为了引起大家的关注，他才会恶作剧。”而伊鲁卡老师给了鸣人最初的关怀和认可。当鸣人成为忍者后，日斩又给了他最佳的班级配置，他让四代火影的徒弟，曾在玖辛奈怀孕时守护了鸣人九个月的卡卡西当他的老师，当危险出现，卡卡西会继续守护鸣人；他让宇智波一族的幸存者，拥有写轮眼潜力的佐助做他的同伴，如果九尾再次失控，写轮眼是仅有的控制尾兽的方法；他把受到鸣人爱慕、又爱慕着佐助的春野樱放在了这个班里，凑成了一组美好的三角恋。
猿飞日斩，再次见证了新一代主角们的成长，直到他们迎来了中忍考试。中忍考试一年两次，本不稀奇，但这次，大蛇丸回来了，他带着音忍和砂忍想要颠覆木叶。木叶村周围设下了完整的感知结界，平日里无法潜入，不过人员混杂的中忍考试却是绝佳时机，大蛇丸先后伪装成学生、音忍老师和四代风影，瞒过了所有人。虽然第二场考试中大蛇丸暴露了踪迹，但中忍考试是各国大名到场观看的盛会，不能轻易中断，三代只能等待大蛇丸出招。
之后的预选赛中，他和卡卡西、凯等精英上忍全程在旁戒备，正赛时也加派人手四处搜查，但他没想到，大蛇丸伪装成了风影，就坐在他身边。比赛中，大蛇丸突然发难，带着日斩跳上房顶，潜藏在会场内的音忍也立刻跟上，联手施展四紫炎阵，阻断了木叶的暗部援兵。大蛇丸撕下伪装，向自己的老师发起了挑战，三代笑了笑，脱去火影袍，里面已是全副武装。
两人交手，大蛇丸用秽土转生招出了已故的初代、二代火影，日斩本以为此战是教训徒弟，没想到对上了自己的师傅。虽然这次复活的初代和二代实力远不如生前，但日斩也年纪大了，连续进行大规模忍术攻防，让他气喘吁吁，大蛇丸则悠闲的在一旁看戏。最后在初代的木遁·树界降临中，日斩躲闪不及，被藤蔓缠住，看来一对二还是太吃力，他终于使用通灵术，叫出了猿猴王。
大蛇丸知道这个通灵兽的厉害，立刻控制初代、二代想要阻止它变身，但来不及了，猴王挡开二人，变化成金箍棒飞到日斩手中。大蛇丸没法安心观战了，他吐出神器草薙剑，加入了战局。虽然大蛇丸不擅长剑术，但日斩此时仍对他抱有幻想，处处留手，直到最后大蛇丸把他按在地上，扬言要毁掉木叶，他才下定决心：接下来不是师徒打架，而是清理门户。
等待已久的猿魔一把扭断大蛇丸的脖子，虽然是替身术，日斩也趁着秽土转生失控的瞬间，用起爆符炸毁了初代、二代的手脚。但秽土转生之躯很快自动修复，而大蛇丸竟然又撕下一层面具，竟是一个年轻女人的面孔，原来他已经完成了禁忌的研究，学会了转生之术。日斩意识到必须在这里将大蛇丸解决，这样一个永生不死且包藏祸心的存在，比九尾妖狐更危险。既然常规的攻击无法奏效，那就只能封印了，而他所掌握的最强封印术，正是当年四代和九尾同归于尽的禁术——尸鬼封尽。