小樱一把抓住佐井的衣领“你究竟要背叛我们几次？”这时佐助说“他就是我的后补吗？又进来了个天真的家伙，说什么要保护我和鸣人的羁绊。”
佐井一面对小樱说“我已经不在乎任务了”，一面对佐助说“鸣人和小樱为了你拼死追到这里，你应该能够理解这份羁绊。”
佐助回答“我理解，但现在我已经有了名为复仇的羁绊，太多羁绊只会让自己迷茫，所以我要在这里斩断！”佐助决心这次要杀掉鸣人。
这个时间点，佐助的实力远在鸣人之上，他的写轮眼已经能够抑制鸣人体内的九尾。当佐助准备使用新开发的s级忍术麒麟时，大蛇丸和兜拦住了他。兜“留他们一命吧，让他们多干掉几个晓的成员。”这让佐助好不容易下定的决心动摇了，只好跟着大蛇丸离开。这次行动，鸣人他们没能带回佐助，但他们收获了第七班的新同伴，佐井。
回到木叶后，佐井向团藏复命，没想到团藏不但没有责罚他任务失败，还答应了他留在第七班的请求。只是看到他露出真心的笑容后，提醒他“情感只会滋生憎恨，而憎恨会制造战争。”今天的团藏出乎意料的不坏。
此后，鸣人意识到和佐助的差距，开始修炼s级忍术风遁螺旋手里剑，佐井则泡在图书馆，很努力的学习该怎样与人相处。之前想要融入第七班是为了任务方便，现在的他真心想和大家成为朋友，于是自上次的“假笑”后，他又学会了新技能“绰号或爱称可以产生亲近感”，教科书上是这么写的。于是他向鸣人、小樱请教，该怎样给同伴起绰号。
小樱看到佐井的改变很开心，答道“只要说对方的特征就好了。”于是佐井仔细端详了一下小樱，开始了实践——“丑女”。看到小樱暴走，佐井还一脸无辜的问“怎么了吗？”
从根组织出来后，佐井的圈子不只有第七班，他还认识了木叶十二小强们，首先遇到的猪鹿蝶班。井野刚一见到佐井就脸红了，颜控的她兴奋对小樱说“很帅呢，有一点像佐助。”小樱回忆着刚才的绰号，心想你太天真了。随后第七班和猪鹿蝶一起吃烤肉，井野坐在佐井身边，热情的给他夹肉，这时佐井的表演开始了。
他心想这是第一次见到新同伴，第一印象很重要，于是决定给他们起绰号。特征嘛…看到因烤肉馋着流口水的丁次，佐井脱口而出“肥……”鸣人一把摁住他的嘴巴“肥猪是丁次的绝对禁句，千万不能说啊！”
于是佐井又将目光投向了身边的井野，井野倍感压力，小樱则在心里呐喊“上啊，佐井！！！”不过佐井却从小樱的绰号惨案上吸取了教训，心想“如果对女生直接说出特征会让她发怒，也就是要反着说。”他想了想，对井野说“美女。”
井野先是吃了一惊，随后有些害羞，“不但人长得帅，说话也很直白呢“。但对面小樱再次炸毛了，小樱“为什么遇到井野绰号就变成这样了！”佐井再次被揍，这是一道双向送命题。
不过这是完全值得的，佐井的一句美女，在井野的芳心上纵了把火，不善言辞的他，最后被这个擅长读心的姑娘领回了家，出身于根组织，无名无姓的战争孤儿，终于有了自己的名字——山中佐井。
佐井加入主角团后发生了很多事，他看着鸣人终于练成螺旋手里剑，打败了晓组织的角都；他参加了第二次佐助夺回行动，观赏了前所未有的爆炸，看到了宇智波一族的战场，以及鸣人的不甘；他看到木叶村被佩恩毁于一瞬，团藏伺机登上火影之位，又死于佐助之手；他看到了小樱为保护鸣人向他告白，被鸣人一眼看穿。佐井经历了他所缺失的世间百态，内心逐渐充满情感，当年根组织的那个封印术，似乎到了完成的时候。
后来第四次忍界大战爆发，佐井遇到了被秽土转生复活的信。看到哥哥被敌人操纵，还被制成了循环使用的炸弹，佐井怒了，用超兽伪画画出两尊罗汉，将敌人击落至勘九郎的傀儡陷阱中。而信也看到了那本他送给弟弟的画册，信“原来如此，我终于看到了期待已久的画。”信再也没有遗憾，他确认了兄弟间的羁绊，也明白弟弟现在一定过得很阳光。
信冲破束缚，主动解开了秽土转生，灵魂升天，他们兄弟二人，无论生死，绝不为敌。
后来佐井所在的部队对上了雾隐忍刀七人众，对方实力强悍，同时拥有秽土转生的不死之身，相当棘手。于是忍者联军本部送来了那个根组织的巨大卷轴，希望佐井能够使出强力的封印术，为了战胜敌人，佐井只能尽全力试试。
刚开始的时候，他又像当年那样被负面情感吞噬，险些失控，但很快，他就意识到自己和从前不一样了，现在的他也有了很多同伴，有了各种各样的经历与情感。将保护同伴心意注入画卷，佐井终于完成了这个根之封印术——虎视眈弹。
在动画中，这个虎视眈弹一招封印了忍刀七人众的兜割，而在漫画中，是封印了鬼鲛的上司西瓜山河豚鬼。可以推测，秽土转生的忍刀七人众大部分应该都被这个术封印了。甚至后来斑爷和柱间拼到两败俱伤时，佐井还试图用这招去捡漏。可惜当老虎咬到斑时，斑被轮回天生彻底复活了。
忍界大战结束后，佐井从木叶小强之十三变成了之十二，一开始他填补的是佐助的空缺，最后空缺变成了宁次。
值得一提的是，根组织在团藏死后便彻底解散了，出身于根的佐井成为了木叶暗部的队长，加上井野的山中一族一直都是木叶情报部的重要构成，所以当鸣人成为七代火影时，佐井已经统领木叶情报部门，和鹿丸一样身为火影的左膀右臂。唯一的遗憾是，他和井野的孩子，山中井阵——竟然不穿露脐装！！！