大蛇丸和红豆在第二次忍界大战中，大蛇丸和自来也、纲手曾联手跟雨隐村头目“山椒鱼半藏”对战。其他木叶忍者死伤过半，只有他们三人能支持到最后，半藏因而赋予他们“木叶三忍”的称号。

而在当年的雨隐村任务中，他们三人亦偶遇上三名雨隐村的孤儿，小南、弥彦和长门。

原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因为有自来也的维护的存活下来，更得到自来也传授忍术。

大蛇丸当过御手洗红豆的老师，是木叶备受尊敬的忍者，也曾经一度被认为是第三代火影的继承者。

亦曾经担任根的成员，并招揽了药师兜成为他的情报收集员及得力助手。但后来由于潜心研究禁术，并抓走村中忍者作为实验对象。令第三代火影及暗部注意上他的古怪行为，最终他叛离木叶，成为叛忍。（当时仍处于全盛时期的三代本欲杀他，但最后于心不忍）

他叛离木叶的时候，自来也曾经追上去挽留他，但还是无法改变他背离木叶的决定。自来也往后仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。

在刚获得风魔一族的认同后收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备偷取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽。

蝎（绯流琥形态）与大蛇丸加入晓之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近成功了。在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体作转生容器，但被鼬的幻术定住。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。

后来他集结势力，在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲（动画原创人物）、鬼灯水月、重吾（北方据点）、香燐（南方据点）、药师兜、音忍五人众（即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近）等。

大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。

五十岁时他跟木叶的原盟友·第四代风影结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃行动”。

他以部下药师兜作间谍潜入木叶忍村，而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。

并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身体作转生容器，故给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他寻求力量。

后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗后，立时撕下伪装，在由音忍四人众所维持的结界里，跟第三代火影挑战。

在战斗前，大蛇丸以秽土转生的形式将初代目火影与二代目火影复活，将他们的意志完全抹杀，二人无法发挥原本的实力。在战斗过程中，使用水遁忍术与木遁秘术与猿飞日斩展开激烈的战斗，他在往日的师父面前露出自己的真面目，面具下一个不为人知的年轻貌美的女忍者的脸，

去证明自己的转生术已经成功，并已夺取了此人的身体作自己之用长达多年(此时大蛇丸虽然灵魂没变，但在生理上完全是个女人，无面具伪装时说话声音为此女的声音)。第三代火影见往日的弟子已经走火入魔，决定清理门户。