1886年7月，李鸿章接到袁世凯报告，说朝鲜有人谋划联俄防英，而俄国正觊觎元山口外的永兴湾清政府深知，一旦朝鲜落入它国，必将危及自身安全，于是命令丁汝昌和吴安康分别率领北、南洋舰队前往朝鲜的永兴湾一带巡防，借以展示清政府强大的海军实力，制止敌国可能的侵略企图
北洋水师提督丁汝昌、琅威理接到命令后，立即率“定远”、“镇远”、“济远”、“威远”、“超勇”、“扬威”等6艘军舰前往朝鲜东海岸海面操演，之后又奉命前往海参崴迎接当时参加中俄关于吉林东界勘定谈判的清政府官员吴大
北洋舰队将吴大送至摩阔崴，留下“超勇”、“扬威”两舰在海参崴待命由于铁甲舰海上长途航行需要上油、修理，于是“定远”、“镇远”、“济远”和“威远”等4艘军舰奉李鸿章之命，在丁汝昌的率领下前往日本长崎进行大修
1886年8月1日，北洋舰队抵达长崎港长崎人对欧美军舰早已司空见惯，但来自中国的铁甲巨舰却还是首次目睹，码头上挤满了看热闹的人群望着龙旗高扬、威风凛凛的巨舰，市民中夹杂着惊叹、羡慕、嫉妒等复杂的情绪
8月13日，中国水兵上岸购物个别水兵却跑到妓院嫖娼，与当地警察发生冲突，造成1名日本警察受重伤，1名中国水兵受轻伤当时，《长崎快报》报道说：“有一群带有醉意的水兵前往长崎一家妓馆寻乐，因为发生纠纷，馆主前往警察局报告一日警至，已顺利将纠纷平静，但由于中国水兵不服，不久乃有6人前往派出所论理，非常激动，大吵大闹，引起冲突日警1人旋被刺伤，而肇事的水兵也被拘捕，其他水兵则皆逃逸”
英国驻长崎领事在一份报告中则称：“有一中国水兵与妓馆的仆人在街上争吵，警察前来干预，水兵遂将之刺伤，但那水兵也受了轻伤”
李鸿章后来也承认：“争杀肇自妓楼，约束之疏，万无可辞”但他又说：“弁兵登岸为狭邪游生事，亦系恒情即为统将约束不严，尚非不可当之重咎，自不必过为急饰也”“武人好色，乃其天性，但能贪慕功名，自然就我绳尺”，对水兵的违纪行为表现出一种宽容在李鸿章看来，**引起的冲突只能算是小事
李鸿章深信，“长崎事件”错在日本
然而，事态很快就扩大了，竟酿成一场骚乱，被称为“长崎事件”
8月15日，舰队放假，数百水兵上街观光丁汝昌鉴于前日的冲突，严饬水兵不许带械滋事，但在广马场外租界和华侨居住区一带，水兵遭到日本警察有预谋的袭击，又发生大规模冲突，结果双方死伤80余人，其中中方水兵死亡人数多于日本
当时，数百名日本警察将各街道两头堵塞，围住手无寸铁的中国水兵挥刀砍杀当地居民在煽动下从楼上往下浇沸水、掷石块，甚至有人手拿刀棍参与混战中国水兵猝不及防，又散布各街，结果吃了大亏，被打死5名，重伤6名，轻伤38名，失踪5名日本警察被打死1名，伤30名，当地市民负伤多名
事后，中日双方通过外交和司法的途径进行了长达几个月的谈判开始时，日方态度强硬，中方也不甘示弱，中方谈判者中甚至有人提出“撤使绝交、以兵相胁”的主张谈判最后延至1887年2月，双方在英、德公使的调停下彼此让步，达成协议，称这次冲突是语言不通，彼此误会，没有追究责任和是非，对死伤者各给抚恤军官、警官的恤金每人6000元，水兵、警察恤金每人4500元水兵因伤残废者每人2500元由此核算，日方付恤款52500元，中方付恤款15500元此外，长崎医院的医疗救护费2700元由日方支付
李鸿章深信此事错在日本：“长崎之哄，发端甚微初因小争，而倭遂潜谋报复，我兵不备，致陷机牙观其未晚闭市，海岸藏艇，巡捕带刀，皆非向日所有，谓为挟嫌寻衅，彼复何辞？”是非曲直显然，中国“断无不坚持到底之理”，而“日人自知理短，断不敢再生事端，贻人口实”
日本儿童玩起了打击“定远”、“镇远”的游戏
“长崎事件”虽然得以和平了结，但在日本当局的挑动下，其民间的****、仇华、排华情绪却因此被煽动起来日本朝野的军国主义思想越来越浓厚，深受刺激的日本海军由此出现一句流行话：“一定要打胜‘定远’”在军国主义思想蛊惑之下，甚至连天真幼稚的儿童也开始玩起了打击中**舰的游戏：即把孩子分成两组，一组扮成中国舰队，另一组扮成日本舰队，进行捕捉“定远”、“镇远”的战斗游戏
李鸿章把北洋军舰送到日本修理，本来就含有威慑的意图，却没想到竟深深地刺激了日本人的民族心理，日本拼命发展海军的狂热情绪也由此被煽动起来日方鉴于清朝军舰“定远”号、“镇远”号外观新颖，威力强大，于是不断增加对海军的投入，加强舰队建设，以期超过中国
1887年3月，日本天皇下令从内库拨款30万元作为海防补助费，全国的贵族和富豪无不为天皇资助海军建设的行为而感动，也都竞相为海防捐款，至9月底捐款数就达到103.8万元，这些资金全被用作扩充海军军备1888年和1890年，日本又提出第七次和第八次海军扩张案，这两次扩张案共购买、建造了千代田号（2439吨）、吉野号（4160吨）、秋津洲号（3172吨）巡洋舰和八重山号（1584吨）通报舰其中，吉野号购自英国，是当时世界上航速最快的巡洋舰
由于日本军舰舰龄较短，在设计时吸收了当时世界科技的最新成果，因此在许多性能上超过了北洋舰队对此情况，清廷官员也曾电告北洋水师注意，但李鸿章认为，“倭人治海军，筑台垒，或以欧西将有变局，预为巡防”而已，对日本海军发展的这一新动向并未予以足够的重视，以致北洋水师在建成之后的相当一段时间里墨守成规，没有太大的发展
定远舰鸣21响礼炮，向日本海军致礼
1891年，俄国在修建西伯利亚铁路之后，把触角进一步伸向远东，图谋把势力范围扩大到朝鲜，以获得防御英国北上的前沿阵地此举使俄、日矛盾进一步加深，因为日本也是首先确立了侵略朝鲜作为日后扩张的跳板，故而对俄国的做法极为不满