南山位于金门岛的最西北角，得到前哨的警报后，驻扎在这里的郑泰部就进入了警戒状态，除了少量留守水营的士兵外，其余的将士都登上战舰，做好了战斗准备。可见到清军的舰队后，郑泰并没有向他们的先锋发起攻击，而是一动不动地呆在原地。
见到侧翼的这支明军舰队后，清军先锋也有些迟疑，接到报告后黄梧不再停留在达素的旗舰上出谋划策，而是乘快船赶往自己的坐舰准备指挥作战。既然明军没有对清军施加任何干扰，很快清军就探明南山附近的明军舰队共计有一百余条战舰，这么一大支舰船位于清军的侧面，当然给施琅和黄梧带来了很大的压力。
清军舰队不再继续西行，而是随着旗号开始缓缓转向，向南山方向压了过来，郑泰也没有表现出任何想留在福建水营坚守的模样，立刻带着全部舰队向南撤离，始终与清军保持着若即若离的姿态。
追赶着明军向南一段距离后，施琅便向达素提议停止追击：“贼人显然是想诱引我们驶向深海，大帅不可中了他们的奸计。”
达素微微点头，战前施琅和黄梧已经给他讲解过厦门的水文，知道若是在午时之前与郑成功交战会让清军的优势发挥到最大，而郑泰的做派明显是拖延时间。达素望了一眼不远处的南山，向施琅询问道：“用不用派几条船攻击这座贼人的营垒？”
“末将以为无此必要，南山上有几门大炮，要想避开这几门大炮登陆的话，需要绕一些路，而且若是见形势不妙，南山上的这些贼人肯定会逃回金门县城，我们拿下南山也是无用。”最关键的问题正如施琅所说，拿下南山没有什么大用处，如果不派出大量兵力就无法攻击金门县城，而如果派出大量兵力不但会浪费很多时间，而且势必要让舰队在此停留，分散兵力而且耽误时间：“郑逆也不会在金门留下太多兵力，兴师动众毫无必要。”
琢磨了一下施琅的话，达素同意了他的判断，郑成功的主力肯定集结在厦门岛上，只要攻占厦门，周围岛屿上的明军肯定会失去抵抗的斗志，金门完全可以不战而下；至于郑泰的舰队也是一样，根本没有必要被他牵着鼻子走，只要全力攻击厦门，郑泰自然会回师增援，因为郑成功的主力若是战败，郑泰除了投降看上去也没有第二条路好走。
想通了金门和郑泰的舰队都是在拖延时间后，达素更不犹豫，传令舰队重新向西，无视金门岛和这支明军的分舰队——幸好清军出发得很早，被他们耽误的时间并不多。
清军停止追击，重新向厦门驶去后，郑泰也没有跟上，而是继续率领水师返回金门岛。事先郑成功已经交代过，郑泰若是能够牵着泉州水师去外海自然最好；若是达素没有中计，那郑泰就继续养精蓄锐，等待午后的决战。
返回南山水营后，郑泰见清军水师头也不回地远去，就下令半数士兵登岸休息——尽管郑军水兵就是在船上呆很久也不会疲劳，但这是对体力没有必要的浪费，距离郑成功预订的决战时间还有三个时辰左右，郑泰让士兵们安心休息，继续为大战积攒体力。
清军的舰队没有受到任何阻碍，就靠近了厦门东岸，见到大海上空荡荡的，没有一条郑军的战舰，中军的施琅和前军的黄梧都有些惊疑不定。
“怪了，郑逆的水师哪里去了？”施琅忍不住又回头望向金门，心里升起一个疑问，自言自语道：“难道郑逆把水师藏在金门了吗？”
如果郑成功的水师从金门杀出来，那么就会出现在泉州水师的背后，从清军手中夺走水文的优势。施琅不能不对此进行防备，在他的建议下，达素命令泉州舰队一分为二，一部分停留在厦门东岸，一部分由黄梧带领着南下，形成犄角之势，这样若是郑成功突然向泉州水师背后扑过来的话，清军仍可以两面夹击他。
不过调整好阵型后，清军仍没有见到任何明军水师的影子，这让施琅心中的疑惑变得更重，甚至生出一个极端古怪的念头来：“难道郑成功是要放弃厦门逃走么？那他会去哪里？”
虽然心中十分疑惑，但清军也不能无所事事，随着达素一声令下，北方的清军就开始向厦门东岸发起登陆。登陆时清军十分谨慎，只是试探性地派出了一些小船，而主要的精力仍用来警戒，提防着随时可能出现的明军水师。
进行试探登陆的的清军小船一直靠上岸边都没有遭到任何抵抗，当第一批清军士兵跳下小船，踏上厦门的土地时，施琅仍在旗舰上左顾右盼。东面的金门海域一直没有明军的踪影，北面也没有什么异常，施琅对着高崎那边望了又望，总怀疑下一刻就会有大股的明军突然出现——如果郑成功的主力从这里绕过来，那高崎方向的奇袭就不可能成功了，不过只要判明了郑成功水师主力所在，施琅也就能彻底放下心来，这意味着其它方向就安全了，而且从西北方向攻来的郑成功逆流不说，还面向太阳，地理上的优势依旧在清军这一边。
可是明军水师依旧没有出现，施琅又在旗舰的甲板上穿梭了几个来回，他看到清军步兵已经开始向陆地深处走去，但那该死的明军舰队还是不肯出现。
……
一早东岸的明军就望见了蔽海而来的清军舰队，当清军士兵开始登陆的时候，明军依旧隐藏在防线上不动，看着全身披挂的清军士兵拿着武器，从小船上走下来后，明军也没有对滩涂上的敌兵发起逆袭。这些清兵穿着沉重的盔甲，一步步从海岸边走向厦门腹地，但他们离开海岸里许后，一道栅栏组成的简易防御工事赫然出现在他们眼前。
冲着这些防御工事吆喝了几声后，领队的清军军官一声大吼，带头快步向栅栏冲了过去。一直等这些清军冲到距离栅栏二十步的时候，始终伏在背后的明军才站起身来，第一批出现在防御工事后的是手持弓箭的明军，还有少量的火铳兵，他们仔细地瞄准着扑来的敌兵，向他们射出了一排火力。
郑军装备的火铳并不算很多，他们主要的远程武器依旧是弓箭，单论火器比例，甚至可能比弘光时期的江北军还要低。不过郑军的火器中并没有三眼、快枪等装备，全部都是鸟铳或是从日本购买的日式铁炮。这些火器的射速远远低于三眼快枪，装填也要麻烦的多，不过更受重视破甲效果的郑成功的青睐。但由于训练麻烦，产量很低，所以郑军火器兵的比例也较低，哪怕是郑成功最倚重的铁人军，装备的也都是弓箭而不是火铳。
这次由于是乘船前来，所以清军都是披甲兵，弓箭只是干扰了一下清军的队形，而火铳则杀伤了一些冲在最前面的敌兵。
射击完毕之后，火铳兵就退后装填，转由长枪兵上前。清军在这一轮中受到的损失也并不大，抱着对明军的轻视，他们毫不迟疑地冲到栅栏前，就开始尝试翻越栅栏，而明军长枪兵躲在后面，毫不犹豫地用枪去捅对面的敌人。带队的明军老兵并没有试图隔着栅栏就把敌人捅死，而是向攀爬的敌人腿部扎下，多半还以他们的小腿为目标，因为这里的防御更薄弱。