参加这次战役的日军有第14军团（司令官本间雅晴中将）、海军菲律宾战役联合编队（司令为高桥伊望中将，巡洋舰10艘、驱逐舰9艘、航空母舰1艘和水上飞机母舰艘）、陆军航空兵第5兵团（司令为冰英良中将，飞机00架）、海军基地航空兵第11航空队（司令为冢原二四三中将，飞机00架）以及约100艘运输船和辅助船只。在菲律宾群岛的美菲集团计有1万人（麦克阿瑟中将任司令，其中.1万美国人）和70多架飞机（其中可作战的14架）。美国亚洲舰队（司令为哈特上将，主要类型的战斗舰艇45艘）协同该集团作战。
战役开始时，日军陆海军航空兵对美军机场和甲米地（吕宋）海军基地实施突然袭击，于1月8—9日摧毁了美军在陆地上的一半重型轰炸机和1/以上的战斗机，为登陆作战创造了条件。美国亚洲舰队的基本兵力驻菲律宾南部基地得以幸免。同日，日军一部攻占吕宋岛以北的巴坦群岛。日军夺取了制空权后，乘吕宋地区几乎没有舰队之机，派先遣部队第48师田中支队和菅野支队（共约4000人）自1月10日起开始分别在吕宋岛北部的阿帕里和维甘登陆并占领机场。
1日，第16师木村支队（约500人）在吕宋岛南部的黎牙实比登陆，占领机场并进一步扩大战果。自11日起，第5飞行集团逐渐转移到吕宋岛已占机场，掩护地面部队登陆和发展进攻。17日，美军仅剩的17架b-17轰炸机撤到澳大利亚。从此，日军完全掌握制海制空权。日，日军第48师主力在吕宋岛西岸林加延湾登陆。4日，第16师在吕宋岛东南部拉蒙湾登陆。至此，登陆日军形成南北夹击马尼拉、围歼美菲军主力的有利态势。6日，吕宋岛守军奉命撤往巴丹半岛预设阵地和科雷希多岛，准备长期抵抗。日军从南北两面进逼马尼拉，但未能切断美菲军撤向巴丹半岛的退路。次年1月日，日军占领马尼拉，并以一部兵力占领甲米地和八打雁。战役的主要目的业已达到。日军还在棉兰老岛和霍洛岛上陆。吕宋岛上的美菲jūn_duì（79500人）撤向巴丹半岛。
日军认为菲律宾作战大局已定，将海军主力和第48师调往荷属东印度，将第5飞行集团主力调往缅甸，而仅以第14集团军的剩余兵力清剿吕宋岛。1月9日，日军开始进攻巴丹半岛，遭顽强抗击。美菲军与日军展开激烈的山地战、丛林战和阵地战。交战中，木村支队被围，前来救援的日军被歼1个营。月底，日军因伤亡严重丧失攻击力，被迫转入防御，战局一度陷入胶着状态。月中旬，麦克阿瑟转赴澳大利亚，留守美菲军由温赖特少将指挥。日军得到第4师增援后实力增强，并以航空兵和炮兵轰击美菲军阵地。4月日，日军以第4师、第65旅为主力对巴丹半岛再次发起进攻。双方在丛林中展开殊死战斗。美菲军既无援兵又缺补给，在日军猛烈攻击下，巴丹半岛守军7.5万人（其中美军900人）于4月9日投降。10日起，美菲军战俘被押往邦板牙省的圣费尔南多，途中数千人死于饥饿、疾病或被杀害，史称”巴丹死亡行军”。同日，日军占领米沙鄢群岛等战略要地。日军攻占巴丹半岛后，对科雷希多岛连续实施炮击和轰炸。5月日，日军对该岛实施火力准备，5日在炮火掩护下分左右两路登陆，对岛上要塞发起攻击。1.5万名美菲军依托坑道工事抗击，并组织敢死队展开白刃战。6日，日军后续部队投入战斗，温赖特率美菲军余部投降。7日，日军占领该岛。10日，驻棉兰老岛和北吕宋山区的美军投降。18日，驻班乃岛美军停止抵抗。至此，日军控制菲律宾全境。
美军占领莱特岛后，山下奉文将驻吕宋岛日军8.7万人编成个集团，分别驻守北部和中南部山区，企图以持久防御牵制和消耗美军。美军为取得进攻吕宋岛的前进基地，于1月15日占领民都洛岛。1945年1月9日，美第6集团军约0万人在美国第7舰队舰炮的强大火力和美国第7、第舰队航空兵突击的掩护下，从吕宋岛西岸的林加延湾登陆，尔后一路（第1军为主）向北吕宋进攻，另一路（第14军为主）向马尼拉方向推进。第一天有6800人（美第1、第14军的基本兵力）在吕宋岛上陆，并且夺取了正面公里、纵深7.5公里的登陆场。为加快进攻速度，美军在向林加延湾增兵的同时，以第8集团军部分兵力分别在苏比克湾西北的圣安东尼奥和马尼拉湾以南的纳苏格布登陆。各部队同时向马尼拉进逼，美军经过一系列战斗于月日攻占马尼拉。月，美军还开始了解放菲律宾南部（棉兰老岛、巴拉望岛及其他岛屿）的战斗行动，美第8集团军（司令艾切利贝尔盖尔上将）参加了此次行动。嗣后，美军在吕宋岛和其他岛屿上进行了消灭岛上南北两部日军个别孤立集团的战斗行动。菲律宾的战斗行动于7月初正式结束，但是，在吕宋岛及其他岛屿上同继续抵抗的股日军的战斗一直持续至第二次世界大战结束。菲律宾人民抗日游击jūn_rén民抗日军曾给予盟军巨大援助。
此战，是日本陆海军在第二次世界大战中实施的攻占众多群岛的第一次大规模合同战役。它证明夺取制空权和制海权对于登陆兵上陆的成功具有决定性意义。登陆兵先遣支队迅速夺取敌基地和机场以及日本航空兵转场至这些基地和机场，对保障主力顺利上陆和继续作战起了促进作用。作战中，日军死伤约1.4万人，损失飞机80余架、舰船4艘；击毁美菲军飞机50余架、各型作战舰艇8艘、商船6艘（美军资料为驱逐舰1艘、潜艇艘、其他舰船艘）。美菲联军士兵死亡500人，负伤5000人，110000人被俘虏（其中包括美军中将温赖特）。菲律宾的丧失使美军在太平洋的战略态势急剧恶化。
在此战役中美国所有高层指挥全部被俘。