故事的主人公上条当麻是名平凡的高中生，作为无能力者的他并非完全没有能力，而是他名为「幻想杀手」的特殊能力能够将一切异能（包括超能力和魔法）无效化。某天早上，在宿舍阳台上他遇见了一位自称名叫禁书目录（index）的纯白修女。就这样，上条当麻的命运被彻底改变。掌握了十万三千本魔道书的少女与拥有抹杀一切幻想的「幻想杀手」右手的少年，将面临一系列惊险故事。