康熙十六年（1677）二月，吴三桂部总兵官关世荣等率官兵家口一万余人至赣州投诚。同月，郑经部总兵赖鄂球率官兵一万余名投清。六月，归诚者有吴部总督董重民、刘进忠部总兵陈玉连等。次年，吴部吉安将军韩大任率文武官员九百五十四名、兵丁一万三千余人降清。降清叛军官兵总计三万五千一百余人。康熙十八年底，吴部将军、总兵等文武官员三百八十二名、

兵丁一万四千三百余投诚。康熙二十年（1681）四、五月间，吴部各级将领宋国辅、张国柱等十七人，各率所部官兵及印札投清。这些对于清军尽早平定吴三桂之老巢云南起了推进作用。

设立南书房

康熙帝酷爱读书，常感于内侍中无学识渊博者，以致君臣不能讲论。康熙十六年（1677）十月二十日，他谕示大学士勒德洪、明珠：在翰林内选择博学善书者二名，常侍左右，讲求文义。命在城内拨给房屋，停其升转，在内侍从几年后，酌情优用。十一月十八日，大学士等遵旨议覆，设立南书房，张英入侍，食正四品俸，赐其宅于西安门内。高士奇加内阁中书衔，食正六品俸，与张英同入南书房，并由内务府拨给住房。

韶州激战

康熙十六年（1677），吴三桂分兵进犯广东韶州等军事要地，叛乱之势再次扩大。八月，两广总督金光祖疏奏求援，镇南将军莽依图复以韶州紧急奏报。康熙帝谕示：这都是因定远平寇大将军、安亲王岳乐和征南将军穆占拥兵坐守长沙所致，命穆占率部速赴乐昌，截断吴军入韶州后路，命尚之信亲统官兵驰援韶州。九月，吴部金吾左将军胡国术和亲军骁骑前将军马宝挥兵一万余人，与清军在韶州莲花山等处展开激战。清军奋勇拒战，分兵夹击，破吴军四营，斩获甚众。吴军大败而逃。逾五日，胡国柱部又弃帽峰山而溃，韶州转危为安。康熙帝感到韶州地方重要，先从莽依图请，留额楚等守韶州，后又虑及军情不能延误，命额楚以江宁将军印统领军马，贝勒参赞军务。

清军屡攻吉安，不克。三月，吴三桂将韩大任从吉安突围。吉安攻围年余，战后人烟极稀。是年，清军在兴化、泉州一带击败郑经军，郑军退出漳州。尚之信降。孙延龄、孔四贞谋降。三桂孙吴世琮破桂林，杀孙延龄。是年，长沙方面清军行动迟缓，尚善要求造“鸟船”，以利江湖作战。江南奉旨造船，摊派经费，工匠日夜赶工，死亡累累。是年，任靳辅为河道总督。康熙八年以后，黄河下游几每年决口，十五年久雨，决数十口，诸水直注运河，冲高邮之清水潭。靳辅任河督后，始进行大规模治理。

康熙十六年

承乾宫昭皇贵妃庶妃（承乾宫钮祜禄氏）

翊坤宫佟贵妃恭常在（郭络罗氏）庶妃（翊坤宫乌雅氏）

咸福宫安嫔（李氏）宜贵人（咸福宫纳喇氏）

永寿宫懿嫔（王佳氏）常贵人（那拉氏）

储秀宫端嫔（董氏）布贵人（兆佳氏）

钟粹宫荣嫔（马佳氏）贵人（钟粹宫纳喇氏）

延禧宫惠嫔（纳喇氏）贵人（延禧宫纳喇氏）庶妃（延禧宫张氏）

长春宫瑾嫔（小郭络罗氏）

永和宫僖嫔（赫舍里氏）庶妃永和宫王氏

庶妃（启祥宫博尔济吉持氏）

封李氏为安嫔、王佳氏为敬嫔、董氏为端嫔、马佳氏为荣嫔、纳喇氏为惠嫔、郭络罗氏为宜嫔、赫舍里氏为僖嫔