进攻流求的舰队分为两个梯队：李壹亲率第一梯队先期出发，共有战舰四艘，部队八千人第二梯队由秦勇等指挥，共有战舰三艘，部队一万二千人。流求本岛地形东高西低，人口会聚西部，以

“澎湖为门户，鹿角为咽喉”。李壹根据敌情地形，确定如下作战方针：首先收复澎湖，以之为前进基地，然后乘涨潮之机，通过鹿耳门港，实施登陆，切断流求城、赤嵌楼两地荷军联系，分别予以围歼，然后收复流求全岛。

荷兰人为了阻止李壹收复流求，也进行了一系列战争准备：增加兵力，到战前，荷兰侵略军在流求的总兵力约三千人，战舰“赫客托利”、“斯弗兰”和“盖因克”、“马利亚”等以及小艇多艘。修城筑堡，在流求南海岸修建了一些坚固的城堡和炮台。其中的流求城和赤嵌楼今台南市西北的镇北坊，是荷兰侵略军用主要力量防守的两个城堡。储备物资，实行封禁。规定禁止任何中国人进入赤嵌楼要塞，禁止渔民下海捕鱼，不准商船与大陆贸易，禁止与大陆通信，以防走漏消息等等。搜集情报，通过各种渠道，采取各种方式侦察郑军的动向。调整兵力部署，将其兵力主要配置在两个方向：一是流求城及其附近的小岛和海面、江面，兵力约一千八百人，舰船多艘，由荷军头目范博梅尔亲率二是在赤嵌楼驻兵五百多人，由里杰卡尔率领其他港口和城堡约有四、五百人守卫。在此之前，鹿耳门港已用沉船堵塞航道。此港水浅礁多，不便通行，没有派兵防守。范博梅尔的意图是，依恃台湾城炮台的火力，居高临下，封锁海面，另派甲板船防守大港海口，阻止明军登陆。

正德二年三月初五，李壹在金门举行隆重的誓师仪式。二十三日中午，李壹亲率第一梯队自金门料罗湾出发，浩浩荡荡向东南挺进。次日清晨，舟师抵达澎湖，因荷军兵力薄弱，很快予以占领。三日后，明军继续东征，进至柑桔屿海面时，遭风雨所阻，被迫折回。三十日，李壹留下3000兵力驻守澎湖，率领舰队，冒着暴风雨横渡海峡，于四月初二日拂晓航抵鹿耳门港外。由鹿耳门外海进港有两条航路：一条是南航道，口宽水深，但有敌舰防守，陆流求城又置重炮瞰制航道，不易通过。另一条是北航道即鹿耳门航道，门阔仅里许，水中沙石淤浅，舰船触之立碎，仅一线可容三舟并进，水路长数十里，横渡可至赤嵌楼。由于航道水浅，荷兰侵略者事先又用破船堵塞，因而只有涨潮时才能通过，李壹决定由北航道突入。四月初一中午，海潮大涨，李壹乘机率队进发，大小战舰顺利通过鹿耳门，进入内海，将舰船分布在台江之中。流求城的荷军以为明军船队一定会从正面进攻，所以只在南航道岸准备了大炮。李壹偏偏从鹿耳门开进台江，避开了敌人的火力。荷兰jūn_duì对明军这种出乎意料的行动惊慌失措，来不及调整大炮，只好仓促出动夹板船到海面阻击，明军水师冲过荷军防线，先在赤嵌楼以北的禾寮港登陆，接着在鹿耳门方向登陆成功。流求人民见明军到达，争先恐后前来接应，明军很快站稳脚跟。

明军顺利登陆后，荷兰人的要塞赤嵌楼、流求城及仅有的几艘战舰，便暴露在郑军面前，处于分隔被围状态。但荷兰侵略军妄图凭借船坚炮利和城堡坚固，从水陆分兵，乘明军立足未稳，实施反击。海面，荷兰侵略军以四艘舰船阻击明军，郑成功以四艘战船把荷舰包围起来，双方展开激烈炮战。明军战舰装备远远强于荷军，水兵们英勇顽强。结果，击沉敌主力舰一艘，炸毁甲板船一艘，其余漏网逃走。在陆，荷兰舰长桑丘率领240名士兵向明军反击。明将秦勇率40人，全歼该股来犯之敌。这些人至死也没弄明白，明军的火器什么时侯变得那么厉害。

荷兰侵略军海陆两战失败后，仍企图固守赤嵌楼、流求城这两座孤立的城堡。李壹调火炮，猛轰赤嵌楼。一柱香后攻占赤嵌楼台。四月初八，李壹除留一部兵力扫清其他地方的残敌外，亲自督师围攻流求城。

流求城城高墙厚，守备完善，城四隅向外突出，置炮30尊南北各置巨炮10尊。荷军火炮密集，射程远，封锁了周围每条道路，所以无论从哪一方面接近，都会受到堡炮火的轰击。李壹占领赤嵌楼后，即组织进攻流求城。他采取正面进攻，水陆配合的战法。四月初四，派兵一部从左翼侧逼近流求城，击败迎击的荷军。四月初七，又指挥将士渡海从南端进攻流求。这时，困守在城内的侵略军只有800多人，退据堡垒继续顽抗。李李壹一面积极准备攻城，一面写信谕令范博梅尔投降，范博梅尔不理。李壹即调集280门大炮运入市区，向流求城一顿猛轰，摧毁流求城大部城墙，击伤许多荷军。范博梅尔被炮弹击中，不治身亡。至此荷兰放弃抵抗，宣布投降。