张小凡初以为逆轮回池运转后便可抵达人间，不想却到了羲皇城这个神秘所在，几经磨炼后小凡已经成熟稳重，身在异域不敢造次，又已身兼九黎族供奉，不便背弃众人。在一番探查后，神裔长老于古籍中得查端倪，终于明了此处便是上古遗留的伏羲圣城。
众人又惊又喜，随同张小凡前来的只有寥寥十数人，轮回池与逆轮回池均只能单项通行，如此大事张小凡只好再赴昆仑轮回池返回异界禀报。期间小凡飞回青云山却正巧陆雪琪率众远赴鸿蒙，小凡唯恐尴尬，未见青云诸同门。小凡抵达异域禀报羲皇城之事，神裔之民得知可以往来人间界，更有圣城在前，举族震惊。在各族公议后，除部分遗老持重者，都愿意回归圣城，张小凡再次开启逆轮回池。
初次返回人间界时，因为不知情况如何，张小凡暂时将碧瑶留在异界，二次返回时，人多势众，也不见得有何风险，于是携碧瑶同回人间界。待率同数万神裔之民回到圣城后，却见到一片凄惨，初次来圣城的十余人惨遭屠戮，伏羲女娲圣像被毁，圣城各处一片狼藉。
众神裔悲愤交加，擒获数名鬼王宗弟子，其中有人认出张小凡，口称副宗主，张小凡的神裔朋友为维护小凡，诛杀几人，众人得知神裔长老等十余人是人间各派高手击杀，圣城也是被其焚毁，无不惊怒，各族各自分工，一面重建圣城，一面备战人族，张小凡人类身份已遭各族质疑，一时也彷徨无计。
原来正邪各派初次探查羲皇城，发现伏羲蛇身圣像，深以为怪，又遭遇神裔长老诸人，以为是兽妖余孽，当时兽妖之乱未久，各派因此均伤亡惨重，遂起了敌忾之心，正邪联手尽杀这十余神裔，捣毁圣像，火焚圣城。
焚香谷历来与鱼人族不合，在一次冲突中被神裔的前哨探知，见其人形鱼首，引为同类，回禀族人，便有好战族人百余前往驰援，尽杀冲突中的焚香弟子，焚香谷门下见神裔形貌，以为兽妖复来，尽遣谷中精锐，门主亲自前往主持，重创神裔。神裔残余伤者，回羲皇城禀明此事，众皆愤怒，张小凡的劝阻也无济于事，当下便遣数百精英骁勇者，奔袭焚香谷，张小凡无法阻拦，只得随行前往，盼有转机。神裔大举来袭，焚香谷也已有所准备，于各派广邀人手。
焚香谷一战，空前惨烈，神裔族法术玄妙，人间界从所未见，焚香谷死伤无数，退至玄火坛，焚香门主见大势已去，自毁玄火坛，逆转八凶玄火阵，八荒火龙即将重创神裔族人，张小凡不忍生灵涂炭，强运天书法诀击杀八荒火龙，自身也受重创，神裔忙于救护小凡，焚香余人得以逃脱，但总坛被毁，门主身死，焚香谷一门至此覆灭。
焚香谷之战震动天下，参战各派弟子更是心有余悸，正邪各方均感危机将近，非一门一派可与之抗衡，几经协商，终于决定在青云山下会盟，正邪各派尽弃前嫌，尊萧逸才为盟主，誓伐神裔。
神裔伐焚香谷后，返回圣城，张小凡重伤闭关，参悟五部天书与五方圣谕的玄机。昆仑山本是神裔一族的圣地，在修葺羲皇城的同时，神裔族人谋划拓荒开疆，计议在昆仑山下筑城，便在此时，天下英雄集结全部精萃，同赴羲皇城，誓欲剿灭神裔族人。
神裔族人因圣城被毁，早已深恨人族，人间兽妖之乱方息，亦对神裔深恶痛绝。此战一开，天地震动，神裔族人虽生俱异禀，但并非人人尚武，随同来圣城的族众虽多，却大半不善攻伐，人族会盟是有备而来，尽出精英，初一接战，神裔妇孺死伤无数 。张小凡重伤初愈，本待劝解双方，但见人族残杀神裔妇孺，不由愤恨。小凡数年来于异界所见，知道神裔族人虽有彪悍骁勇，好战凶狠之辈，但更多是善良纯朴，热诚率直。今见众多熟识的神裔善民惨遭屠戮，血气上涌，加入战团抗击人族。复生后的碧瑶心思质朴，见神裔族人遇害也奋起反击，但法力不济，被正道诸人打成重伤。小凡见碧瑶受伤，不由狂怒，出手狠辣，失手杀死宋大仁，与青云门反目。
神裔族人奋起反击，又启动了羲皇城的护城洛书，人族英雄并非神裔血统，受洛书所制气血浮动，道法凌乱，被神裔重创，萧逸才亦身负重伤，只得率众退却。此战双方伤亡惨重，神裔五大血族，有两族族长战死。人界群雄撤退时青云门诸长老殿后，悉数殒命，林惊羽，法相等身负重伤，天音、合欢、鬼王各派也死伤甚众。
羲皇城一战，神裔妇孺死伤尤多，余下族人或失兄弟姐妹，或死父母亲友，不无切齿痛恨人族。当时人界会盟以青云居首，神裔族人秣马厉兵，欲踏平青云山。人族会盟亦探知神裔动向，知道青云山事关天下存亡，正邪各派均自倾尽所有。
小环自得传鬼先生的阴阳之法后，经野狗道人相助，力图振兴鬼道一门，昔年花季少女已成巾帼魁首，羲皇城一战因周一仙力阻，鬼道一门并未参与，得知正道功败垂成，神裔欲进侵青云山，小环亦亲率鬼道门人倾力赴援。
鬼王死后，鬼王宗一蹶不振，天狐小白不忍姐妹所建基业毁于一旦，接手振兴。几年间也回复了不少元气，天城一战小白格于狐妖身份，不便亲往，得知青云危机，知道事关存亡，只好亲上青云相助。
自道玄身死，小凡进入异界，青云门下已无人能运使诛仙剑阵，如今长老尽去，萧、陆重伤，更无回天之力。陆雪琪修为已冠绝青云，只有她有望参悟诛仙剑的玄机并加以运使，陆雪琪于幻月洞府中闭关冥思，念及小凡反目，痛不欲生，内吸震动，呕血于诛仙天琊双剑，竟引发神物血炼，诛仙剑精华尽注天琊，化为齑粉。陆雪琪以天琊神剑试启诛仙剑阵，远胜昔年道玄。
羲皇城中，张小凡闭关疗伤，亦悟出五方圣谕与五卷天书的玄机，融汇神、人两界之法于一身，达到天地人神之境。复生的碧瑶本非血肉之躯，又经生死历练，其灵性与上古圣物护城洛书隐隐相通，再得张小凡传授五圣谕的心得后，竟然能够将威力强大的洛书运使自如。
时值神裔族人备战已毕，倾巢奔袭青云山，倔强的碧瑶也不听张小凡劝阻，决意为死难族人报仇雪恨。小凡深知诛仙剑阵之威，虽不欲诛杀同族英雄，亦不忍神裔被诛仙剑阵屠戮，且担心碧瑶安危，不得不随众前往。
事关生死荣辱，事关天下存亡，事关人神命运的终极之战，即将展开……